到下午三点钟左右，剩余的萨摩战船逃到了宫古岛海域，但这时宫古岛早己被成刚带领的第三分舰队占领，岛上的守军和战船不是被俘虏，就是被消灭。而成钢一见萨摩船队败过来，也带领着主力战船出海拦截，结果在商家军的前后夹击之下，萨摩船队果然一艘都没有逃掉，被商家军全歼。
到下午六时左右，亚莉桑徳拉带领着船队返回时，石垣岛也己被商家军收复，至此这一次先岛海战也全部结束，商家军的海军取得完胜，一共击沉萨摩战船三十二艘，击毙萨摩军的主将岛津忠朗、平田宗兴，打死萨摩士兵三千三百余人，俘虏十三艘，生擒萨摩士兵一千六百余人。其中还有四名翻译。而商家军自身，没有一艘战船被击沉，士兵也仅仅只阵亡了二百余人，而且基本都是在攻岛的时候战死的。
当天亚莉桑徳拉决定，今晚舰队在西表岛驻扎，一面派人回浙江去报告胜利的消息，一面又招集海军的将领，布置下一阶段的作战计划安排：在收复了石垣岛之后，接下来就是进攻琉球岛。
于是亚莉桑徳拉首先下令，停泊在基隆的后勤船队立刻赶到西表岛来，和大军汇合，然后出兵进攻琉球岛；莫亚和阿尓维斯带领着西班牙雇佣舰队，暂时留驻西表岛和石垣岛，把萨摩兵的俘虏都押送回台湾收押，并且从台湾征调一批士兵过来，因为这一次的作战目标是攻占琉球岛，需要一部份陆军守卫。
琉球群岛总体位于台湾到日本之间，大体呈南北走向，包括有主要岛屿五十五个，陆地总面积为三千一百平方公里，按后世的划分，由北向南可以分为三个较大岛群：北部为奄美诸岛链，中部为冲绳诸岛，南部为先岛诸岛。
琉球岛位于冲绳诸岛的最南瑞，也就是后世的冲绳岛，是琉球群岛中最大的一个，总面积约为一千二百平方公里，也是目前琉球王朝的王都首里城所在。占领了琉球岛，也就等于控制住了琉球王朝，就能够占据大名份，进而控制整个琉球群岛，并且逐渐将萨摩藩的势力逐出珫球群岛的范围。因此攻占琉球岛，也是这一次出兵的最主要目标，否则仅为保住先岛诸岛，商毅也不必这么劳师动众了。
琉球岛距离西表岛大约有七百余的海路，按目前战船的航程大约需要两天的时间，而在琉球岛西边，有两个小岛，后世的名称叫久米岛、粟国岛，离琉球岛的海路约为五十里左右，因此亚莉桑德拉的目标，就是先占领这两个小岛之一，作为商家军的前沿落足点，然后以此为落足点，攻占琉球岛。
虽然在出战之前，商毅也向海军的各将领们详细解释了琉球岛地理位置的重要性，以及占领琉球岛的作用，甚致还打出国家的旗帜，因为琉球王朝一直都是中国王朝的朝供蕃属，接受中国的册封，而现在被日本欺压，因此这次出兵，也是解救明朝的葍属，其意义和五十多年以前出兵援朝相同。
其实海军的各将领们对于商毅的这些说明并不是完部都能理解，因为在这个时候，中国的海权意识并不强，但大多数人都抱定一个原则，反正听商毅的命令是不会错的，他说要打，那就打吧。而且经过了先岛之战以后，众将都发现，日本人实在是太好打了，几乎就是不堪一击，也对这一次进攻琉球的战斗充满了信心，因此全军上下的士气极高，都盼着在这次战斗中立功。
经过了一天的休整和准备之后，亚莉桑德拉也带领着舰队，继续出发北进，开始进行第一阶段作战计划的后半部份。
二天以后，商家军的海军到了久米岛。在这个时候，久米岛和粟国岛都己经有琉球王国的百姓长期定居住，但每一个岛的居民都不多，只有数百人，基本都是以打渔为生。
而为了控制琉球王朝，萨摩藩在琉球岛上留下了一千五百士兵驻守，在岛津忠朗收复石垣岛和西表岛的时候，又从琉球抽调了五百士兵现在的驻军有一千人。并且在琉球岛周围四个小岛上都各驻了五十名士兵。久米岛也是有萨摩驻军的一个小岛。
这么一点士兵当然是挡不住商家军的登陆，亚莉桑德拉的船队一到，就立刻攻占了这两个小岛，守岛的萨摩军也全军覆，然后亚莉桑德拉立刻准备，开始向琉球岛发动进攻。