萨摩船队到平良岛之后，立刻被西表、石垣二岛上的西班牙军发现，两名西班牙军官莫亚和阿尔维斯经过商议之后，决定率领船队主动出击，先给萨摩船队一个迎头痛击，同时也派人向浙江报急，也派人到台湾，请驻守台湾的沈寿岳派兵来支援。
正好这时桦山久平也率领着舰队向石垣岛进发，双方在先岛诸岛中部的水纳岛海域遭遇，展开激战。
在这一战中，西班牙雇佣舰队一同投入十五艘战船，都是中小型战舰，最大的是八百吨的皇家园林巡游者号，另外还有四艘七百吨战舰、六艘六百吨战舰，四艘五百吨战舰。而萨摩船队出动了二十六艘战船，不过这时日本的造船技术十分落后，最大的一艘也不超过五百吨，还有八艘两百吨以下的小船。结果一方船少但体大，而另一方小则多，算成总吨，还大致相当。
但一打起来可就满不是那么回事了，因为曰本的海战理念依然停留在当初的丰臣秀吉侵朝战争时代，仍然是以靠近用火箭射，然后接舷跳帮战为主要战术，萨摩船队的船小不说，而且配有火炮的战船竟还不足十艘，而且最多的一艘战船上装配的火炮只有八门，还都是小炮。而西班牙雇佣舰队随便拉出一条船的火炮都要超过它们一倍，而旗舰皇家园林巡游者号，一共装配了七十门火炮，一下子就要把萨摩船队比化了。
结果一战下来，萨摩船队被打得大败，被击沉六艘，俘虏二艘，拆兵六百余人。桦山久平带领着败军逃回平良岛去了。而西班牙雇佣舰队仅仅只被烧毁一条船，受伤两艘，损失了三十四名士兵。
不过尽管西班牙雇佣舰队在第一战取得大胜，但萨摩船队的后队赶到了平良岛之后，战船总数超六十艘，虽然船小炮少，但也是蚁多咬死象，莫亚和阿尔维斯也不敢轻易向宫古岛发动进攻，因此把战船集中在西表岛和石垣岛之间，两面支持，而同时驻守台湾的沈寿岳也拔来了一千士兵，六艘船，帮助守岛。只等浙江派来援军。
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商毅现在当然还不知道双方水战的结果，不过对这次中日之间的冲突可以不敢马虎，他对日本本来就没什么好感，只不过是现在腾不出手来收拾他们，何况这一回小日本居然主动惹到自己头上来了，那自然也就不会客气。
而且商毅也十分清楚，这个时代的日本颇有些向一百年后的中国，闭关自守，承久太平，战国时代的尚武精神和血气之勇己被太平时光消摩得差不多了，而武士道疯狂精神还要等到二百多年以后，才会出现，因此也可以说，现在的日本正是国力隆盛，但武力松驰的时候。
商毅当然不会对日本讲什么费尓沷赖精神，相反越是落水狗，就越是要痛打。而且自从商家军走向海洋之后，向南的目标就是马尼拉，而向北的目标就是琉球，这是这两处地方，正是东亚及东南亚海域的南北要路，占领西表岛和石垣岛只是第一步，商毅正愁沒机会对琉球下手，想不到曰本人主动把机会送上门来了，这可是上门的买卖不得不做啊。虽然现在以自己的力量，攻打马尼拉还颇有不足，但对琉球动手，还是足够的。
因此就在很短的时间里，商毅就做出决定，一次不仅仅是要把萨摩藩痛打一顿，让他们知道疼为止，而且一定把自己的海上势力插入到琉球群岛内部。同时也是对整个曰本的一次搞山震虎，看一看徳川幕府会有什么反应。
于是商毅也立刻决定，取消今天下午视查兵工厂的行程，招集海军将领开会，商讨这次这次对曰本萨摩藩的战斗安排布置计划。也命成进和黄震马上去通知安排，让海军将领明天上午都赶到督师衙门来开会。
成进和黄震离开了督师衙门以后，商毅忽然想到在杭州还住着一个充满了疑点的日本商团，而且这个日本商团就是来自萨摩藩，那么这次的战争和他们会不会有什么关糸呢？因此商毅也立刻下令，让人把安全处的付责人周奇找来，问一问曰本商团的情况。