虽然逃走了一小部份清军，但李定国估计，等其他各路清军得到消息，赶回来复夺滁州，至少也要等三四天以后了，因此自己的人马可以在滁州暂时修整几天，当然也不忘派出侦察兵，严密侦察清军的动向。同时也派人潜回到扬州，向商毅报告外线部仄的进展情况。
滁州之战中，商家军一共歼敌三千余人，俘虏两千五百余人。其中满八旗兵约有六百余人，缴获了米三万二千余石，草料一万余石，驴马一千五百余匹。白银十六万余两，黄金五千多两，这里面既有清军运需的，也有在滁州抢掠搜刮而来的，致于刀枪盔甲等物，商家军跟本就懒得算了。另外还解救了被清军抓的百姓壮丁三千余人，妇女四百余人。
胜利固然值得高兴，但善后却是一大堆麻烦，因为商家军不可能据守滁州，也不能带着战利品和俘虏上路，俘虏也好处理，全杀了就完了，商毅也准许他们这么做。而所得的粮草，财物、马匹怎么办，扔了可就太可惜了。
最后李定国和段鹏决定，考虑到滁州城中的百姓饱受清军的伤害，公开将清兵处死，而那六百余名满八旗兵，则公开示众三天，每名百姓都可以来捅他们几刀出气，直到断气为止，而粮草、财物和车辆都分散给滁州城里的百姓，只是把驴马都带走。驴子可以驮辎重，而马匹可以代步，必要的时候，还可以宰杀了充饥。
商家军的决定，立刻在滁州城中引起了轰动，清军在滁州停留的时间虽然不长，但暴行却做了不少，烧杀抢掠，一样都不缺，这也是清军的一个光荣传统。滁州城里有不少百姓都被清军害得家破人亡，妻离子散，对清军自然也都是恨之入骨，现在终于有了能够亲手报仇的机会，当然不会放过。而且商家军还为百姓提供兵器，反正都是徼获的清兵的兵器。
于是六百余名满八旗兵一被绑好，立刻有不少百姓都冲上来对他们拳脚相加，也有人拿着刀枪，向他们又砍又捅，大哭大骂，而百姓们毕竟没有受过专业训练，就算是刀砍枪刺，也很难一下子让淸兵毙命。但对淸军来说，这样的结果更悲催，还不如被一下杀死来得痛快，完全就是活受罪，六百多人都被百姓们砍刺得血肉模糊，惨叫的声音一直都没有停止过。
当然也不是所有的百姓都想找淸军报仇，不过发给他们粮食、钱财也同样使他们对商家军感激不尽，因为杀清兵报仇毕竟是出一时之气，但粮食和钱财却是让他们活命下去的根本条件，因此一个个都对商家军感激涕零，不少百姓在分到了粮食和钱财之后，都叩头感谢。
而李定国让士兵一面给百姓分发物资，一面也向百姓们大力宣传商家军的光辉形像，同时也劝告百姓们，最好都躲到山里去避一避，因为商家军离开滁州以后，清军一定会又杀回来，他们找不到商家军，恐怕会拿百姓泄愤。这些事情淸军可没少干。
而一听说商家军要离开滁州，不少百姓也都哭了起来，纷纷挽留他们：“商家军多好啊，赶跑了鞑子，帮我们报了仇，还分给我们活命的粮食。要是你们留在滁州不走就好了，你们能不能就留在滁州不走啊。”
“乡亲们，这可不行啊！我们还有任务。我们还要继续去打鞑子。现在我们把滁州的鞑子赶走了，还要把其他地方的鞑子也都赶走。”
“要是你们走了，鞑孑又回来了可怎么办？”
“要是朝廷的军队都像商家军这个样子，该有多好，我们就不用怕鞑子了。”
“现在的朝廷，只会向我们催粮，其他的军队和鞑子一个样凶，谁会管我们老百姓的死活。”
“乡亲们，朝廷不管你们，别的军队不管你们，但我们商家军一定管，只要鞑子还敢来，我们就在打回来，把鞑孑都杀光。但你们最好也到山里去躲一躲，不要让鞑子找到你们。”
“还是商家军好，要是让商家军来坐朝廷就好了，那么我们才都有好日子过了。”