第一师三团的士兵们也都赶到了护城河边，将长梯架在护城河上，将做跳板，越过了护城河，也杀入了怀远城中，然后也都纷纷端起步枪，向清军冲杀了过去。
这时双方是近身作战，商家军使用步枪射击的机会并不多，其实清军的白刃战能并不逊色于商家军，只是现在怀远县里的清兵己经大乱了起来，因为刚才那一次惊天的大爆炸已经吓破了不少淸兵的胆，而且主将也在爆炸中丧生，又不知道在黑暗之中还有多少敌人，就是再训练有素的军队也不可能还保持着镇静，战斗力连一半也发挥不出来结果也被商家军杀得纷纷倒地身亡。
而清军的另一位主将，原大顺军的降将刘忠得知消息之后，也充份发挥其流寇的本色，立刻带着百余名亲随，从西门逃出了怀远县城，向蒙城方向逃窜而去。
到了天亮的时候，商家军也己经完全攻占的怀远，五千清军中，杀死一千八百余人,俘虏一千三百多人，逃走的不足两千人，而商家军自身的伤亡，只有二百一十三人。商毅接报之后，也十分高兴，立刻又命令成进在怀远组织阵地，准备迎击多铎的大军，同时又调过去了一个火炮营，并且把也把火炮、弹药、雷霆战车等重型武器都运到了怀远。
在一天之后，商毅又收到罗远斌的报告，他也成功的袭击五河县得手。商毅也同样命令，他在五河县组织阵地防守。
怀远和五河两个县的相继失守，也等于是给了清军当头两记闷棍，多铎在震惊之余，也感觉到，自己确实是遇到了一个难以对付的敌手，商毅果然是名不虚传。
而且商家军的这两次袭击得手，不仅仅只是起到了鼓舞士气的作用，因为现在明清双方是以淮河为界，各占南北，而怀远和五河都在淮河北岸，商家军攻占了这两个地方，等于是在清军的势力范围内钉入了两只楔子，一但清军渡过淮河作战，自己的补济线就会处在商家军的危胁之下。因此也不得说商毅这一手玩得确实十分漂亮，大有崩一角而动全盘之妙。
不过多铎也清楚，现在的当务之急就是立刻集中大军，夺回这两个县城，那怕是只夺回其中一个县，也能够扳回大部份的局面来。而且这几天清军的谨慎用兵，也不是全无收获，多铎至少打听清楚，在淮河南岸布防的明军并不多，决不超过四万，而现在多铎麾下的人马超过了二十万，因此多铎也对夺回这两个县充满了信心。
四月七曰，多铎下令给孔有德，命令他立刻出兵，复夺五河县，然后分兵两路，一路在五河就地渡淮，直取盱眙，另一路转攻泗州，一举突破淮河东段；而自己亲自领军来攻取怀远，然后突破淮河中段，直取凤阳；而耿仲明再突破淮河西线，这样一来，整个淮西就可以一举而下了。
向孔有德和耿仲明下令之后，多铎首先命手下的镶黄旗固山额真叶臣为先锋，带领以一个固山的满八旗军为核心，共计二万五千人马，由蒙城出发率先向怀远发动进攻。
而这时商家军也在怀远布置好了阵地，准备迎战清军。
怀远位于位于淮河与其支流涡水的入口处，属淮河北岸，涡水南岸，东、北两面均有河流为屏，只有从西、南两面才能进攻，因此也大大减少了商家军布置阵地的工作。现在怀远县城的西、南两面都挖好了一条长达七百步即一千米左右，呈棱状分布的战壕，作为迎击清军的阵地，成进在两面阵地各安排了三个步兵营把守，还留了二个步兵营、一个火炮营和一个辅助营做为机动兵力。同时商毅也派出一百条战船，准备随时从水上支援。
清军是沿涡水进军，因此主攻的方向也放在怀远的西线。其实叶臣看了商家军布置的阵地之后，也十分奇怪,不明白明军这样做是什么用意，因为这整个阵线又宽又薄，一点纵深都没有，难到说躲在一条弯弯曲曲的小沟里，就可以阻挡淸军的进攻吗？或者是用土布袋堆起的二三尺高的矮墙会比城墙更有用吗？
不过叶臣是清廷的老臣，早在皇太极既位时，他就是十六大臣之一，算上现在继位的福临，他己经连事清廷的三主，也是久经战场的老将，既然对手曾经打败了阿巴泰、打败了豪格，就必有道理，因此也不容小视，还是先试探一下对手的实力再说。于是叶臣也祭出了清军屡试不爽的传家法宝，派出五千降军，首先向商家军的阵地发动进攻。