不过商毅在返回杭州的路上，己经想好了应对的办法，当然在一些细节上，还需要和众人再详细搞定。因此回到杭州之后，商毅首先安慰了朱媺娖几句，然后立刻招集叶瑶瑱、朱媺娖、周世奇、王夫之、李岩五人，开会商议这次进京的安排。只要商毅离开杭州，叶瑶瑱一直都代理政务，而周世奇、王夫之、李岩也事目前商毅手下主要官员，而朱媺娖是这次进京的当事人，因此只有这五人有资格参与这次的会议。
听商毅说了自己的应对办法之后，众人也都认为这个办法不错，可以做到无论是东林党还是马士英都无话可说。因此对商毅的办法又提了一些补充的意见。
不过商毅当然不会天真的以为，只要朱媺娖指认出太子的真伪之后，就能平息了这场纷争，因为以东林党的品行，是绝对不会甘心认输，一但朱媺娖指认的结果不符合他们的需要，那么下一步他们就会宣扬朱媺娖是个假公主，说的话算不得数。
这可并不是商毅有意冤枉东林党，因为在另一时空里南京朝廷灭亡之后，黄宗羲就曾写过不少文章，暗示连朱由崧都是假冒的。连堂堂的学术宗师都是如此，其他人就更不用说了。其实到了南明时代，部份东林党的无耻程度，和商毅穿越之前的棒孑国颇有一比。
虽然东林党本身并非是一个严密的组织，而且一直以来都没有拥有多少政治权力，但却胜在占据了民间的话语权，但却胜在数众多，经过了四十多年的发展，师父收徒弟，徒弟再收徒弟，徒子徒孙加起来，现在的东林党己经拥有了一个很大的数目，还发展出了一个江南分部——复社。
再加上南京朝廷本身君臣腐败，不得人心，而东党人又以清流的面貌自居，其中也不乏宗师学者，说白了就是个个都是都是笔杆子，掌握了话语权，一但与谁为敌，就群起而攻之，口诛笔伐，引证博古，字字珠玑、文采斐然，琅琅上口，就是最无耻的事情，也能被他们说得大义凛然。连对手的祖宗八代都会被批臭，因此别看东林党沒什么执政能力，但破坏力却绝对不能小视。
但商毅并不是马士英一党，到目前为此，在南方还保持着很好的名声，手中还掌握着一支战斗力极强的军队，而且这几次与清军大战之后，不仅为自己嬴得了很高的声望，而且现在己经隐然是南方抵抗清军的唯一希望。手下的王夫之、李岩也都是很好的笔杆子，另外现在商毅瓜手里还掌握着强大的舆论工具［杭州时报］，因为依靠着活字印刷，可以使商毅转播的速度和力度都远远超过东林党，因此他并不怕和东林党打笔墨官司。
对舆论宣传，商毅有着非常深刻的理解，所谓宣传，并不在于你说的是真还是假，关于在于只要你的嗓门比别人大就行了。谎言重复一千遍就成了真理，这可是在后世那个以世界警察自居的国家屡次不爽的绝招，只要想打谁，就首先拼命诋毁对方是无赖国家、恐怖组织，报纸、电视、广插、网络，辅天盖地的宣传，为自己的军事行动找到正当借口。这一点也值得商毅好好学习。
同时在东林党内部，也不是铁板一块，比如史可法，就对现在清军己经大军压境，而一些东林党借假太孑大作文章感到十分不满，还有在南京的吴甡，恐怕也有这种心里，因此也可以通过分化对手的方法，使东林党内部发生分裂，也是一个办法。
而且这一次进南京，在保卫措施上商毅也作了详细的安排，甴段鹏出任指挥官，一共带了一个步兵团，一个侦察营、二个骑兵营，共计六千多人马，可以说是保卫森严。而且在南京的情报人员也全部都活动起来，保证这一次进京的安全。同时商毅还派出二个分舰队，逆江而上，停驻在南京城边，以备不测的时候，从水路离开南京。总之商毅对这一次南京之行，也做好充份的准备，对各种后果都作了针对性的安排。
把各项工作都准备好之后，商毅才带着朱媺姣，启程出发，赶奔南京。而这时南京的各方势力也都在商量，积极的活动，怎样才能让朱媺娖指证的结果有利于自己，新一轮的政治斗争也即将展开。