商毅是在二月十五曰到达了扬州、而这时局势又出现了一个重大的变化。
原来清肃亲王豪格渡过黄河之后，因为立功心切，也不等多铎的大军到达，率军直扑徐州，而徐州的守将李成栋毫不抵抗，就举兵向豪格投降。于是清军兵不血刃就取得了军事重镇徐州。
而李成栋是高杰手下的主要将领之一，他投降清军，有很大程度也是因为对明朝，对史可法的做法感到失望和寒心。在高杰死后，归李成栋部下所管的兵力达到三万余人，他投降之后也使豪格的兵力大增，另外高杰余部的其他将领李本深、胡茂祯等人见了也都有些蠢蠢欲动，军心不安。
徐州是江淮的门户，自古以未都是南北兵家的必争立地，徐州一失，意味着江淮门户大开，清军可以东进淮安、中攻凤阳，西取颖川，三路均可用兵。
这时己经驻兵在宿州的刘良佐得知李成栋投降豪格之后，不等清军攻来，立刻放弃宿州南逃，狂奔三百余里，一直逃到了寿州才算收住脚。
而这时史可法早己经乱了方寸，现在唯一的指望就是商毅尽快领兵来扬州支援。因此商毅到达扬州之后，史可法也亲自带领着扬州的官员出城来迎接，两人见面之后，史可法也不禁放声大哭起来，道：“以恒，我大明三百年豢养士民，不意竟会到这一天。”
商毅也只好安慰他道：“督师不必如此，只要有我商家军的一兵一卒在，断不会让清虏渡过长江，必然力保半壁江山，请督师尽管放心。”
听了商毅的话之后，史可法也稍稍有些安心，赶忙道：“这里不是说话的地方，请以恒进城稍做休息，我己为以恒准备了接风宴席。”
商毅点点头，也下令将人驻扎在城外，自己带着一个侦察营进城。所有的客套都结束之后，商毅和史可法也立刻开始研究抵抗清军的战术安排。
现在清军己经占领了徐州，进军的路线也有多种选择，因此首先就要弄清楚清军进军的方向，才能进行有针对性的防御布置。不过在商毅看来，清军多半是会沿黄河南下，进攻淮安府的路线。
因为在凤阳、庐州一线还有刘良佐和黄得功两镇人马驻守，合计兵力超过十万，从这一线进军，也未必可以轻易取胜。而淮安府本是高杰的防区，现在高杰己死，李成栋己降清军，这一线的防守兵力大减，而且还可以利用李成栋，继续招降高杰的余部。因此这才是清军最佳的进军方案。
而这时高杰余部李本深和胡茂祯保着高杰的遗孀幼子驻守在淮安府，大约还有两万人马，其余人马分布驻守在睢宁、宿迁等地。但现在这些人马的意向都让人难以预料，也不能予重任。因此商毅也向史可法建议，将李本深和胡茂祯调到其他地方驻守，由自己领军马进驻淮安府，迎战清军。如果清军不走这一条路，而是改攻凤阳，那么自己就率军北上，直捣徐州，迫使豪格撤军。
史可法也认为商毅的意见可行，因此下令李本深，率军移居扬州府治内的高邮州，由商毅率军进驻淮安府。另外又下令刘良佐进驻凤阳、黄得功进驻泗州，以防清军从另一路进攻。
同时商毅又向史可法要求，第二批过江的商家军第三师将分兵两部，一部驻守扬州，做为接应人马，另一部驻扎江南常州，接应浙江运用的物资，并且让商家军的海军的战舰在扬州江边停泊，另外还要在扬州为商家军安排仓库，存放物资。史可法对商毅的这些要求也没有异议，全都一一照办。
随后商毅又在扬州休息了一天，第二天率军出发，进驻淮安府。而史可法也亲自陪同商毅一起前往。
那知到了淮安府之后，守军竟然四门紧闭，不让商家军进城。原来这时李成栋派人来给李本深和胡茂祯下书,劝他们投降清廷，李本深和胡茂祯，包括高杰的遗霜邢氏等人接信之后，到是都有些动心，因为他们现在对明朝基本不保什么信心了，而对史可法同样也心灰意冷，但就在这时，他们得知商家军己经渡江北上，进驻扬州，又有些犹豫不定起来。