而崇祯的另一份，为商毅和朱媺娖指婚的遗诏，到是没有引起多少争议，一来是皇帝的女儿，爱嫁谁嫁谁，虽然商毅己经娶妻纳妾，但关自己什么事；二来各方势力都顾着在新朝中争权夺利，谁还在乎这个。因此这门婚事也得到一致的通过。只不过崇祯架崩，按制度朱媺娖是要守孝三年，实际为二十七个月，等孝期满了以后，才能够和商毅举行婚礼。
不过就在五月十八日，朱媺娖上疏，表示崇祯的遗诏和玉玺都己经送到了南京，新君也己经登基继位，自己的任务也己经完成，因此不愿住在南京，请求能够带着朱媺婕，在外地安置定居。
这个要求到也合情合理，因为朱媺娖和朱媺婕到底不是朱由崧的亲生女，朱由崧本身也是有儿有女的人，因此她们留在皇宫中也多有不便。
而马士英也觉得，朱媺娖和商毅己是未婚的夫妻，留在南京说不定还成为商毅的耳目，还是把她们姐妹两送出南京也更好一些，而吴甡也受商毅的委托，也极力赞同，并且建议，把朱媺娖和朱媺婕送到苏州安置，甴新任的苏州织造太监朝赞周伺奉，理由是苏州本来就是个宜于居住的好地方，而且离南京近，朝廷也好就近照看。
其实这个时候，苏州发生的生丝收购事情也早就传到了南京，只不过现在南京的大臣们谁都没有空来管苏州的事情。不过谁都知道，苏州也算是商毅的势力范围，因此把朱媺娖、朱媺婕姐妹送到苏州安置，其实就是送到商毅的手里。不过朱媺娖和商毅早晚也是夫妻，这样安排到也沒有什么不妥的。
商毅接到自己晋升的圣旨之后，也下令将抓获的王维如一行人放了，当然是美其名曰交给马士英来发落。马强在当了十几天俘虏之后，这一次也幸运的又逃脱了出来。
新皇帝也有了,众大臣该封的也封，该赏的赏了，但这也并不就等于从此之后，南明朝廷就太平无事了，事实上更多的麻烦才刚刚开始，首先是北方还不安定，大顺军、清军都是南明的敌人，现在清军己占领北京，而大顺军败走陕西，南明坐收江淮，但在三者之间，河南、山东等地带，还存在着一个巨大的缓冲地区，三方势力在这里犬牙交错，怎样处理这一地区，可是一个重要的问题，而比这个问题更重要的，还有为崇祯办理丧事，以及崇祯的庙号、追谥等等事宜。
而对第一次权力分配并不感到满意的各集团，也围绕着这些问题，在朝廷中，又开始酝酿着新一轮的争吵斗争。
同时也有相当一部份官员对南京朝廷、对新任的皇帝，对东林党都感到了相当的失望，因此也纷纷弃职而去，山东总督曾化龙，也就是其中之一。而另一位山东大员布政使孟宏恭则暂时没有封给官职，在杭州闲居，等南京朝廷选出新的山东巡抚之后，仍然回山东上任。
在曾化龙离开南京吋，商毅也去送他，两人相对半响，却都没有说一句话。最后曾化龙才说了一句：“好自为之。”然后扬长而去。
商毅看着他远去的背影，也不禁苦笑不已，事实上南明南京朝廷的条件,比历史上南渡的东晋、南宋在立国初期的条件都要好得多，不仅有一套完整的行政机构，还有相当数量的军队，因此在北京被攻破不到两个月的时间里，就组成了一个结构完善的政权糸统。
然而南明南京朝廷却没有像东晋、南宋一样坚持下来，就在于立国之初时，底子就没有打好，表面上部门齐备，一应俱全，但在实际上矛盾重重，为争权夺势，置国事于不顾。以致于江河日下，国土沦丧。在另一时空里，南明南京朝廷只坚持了一年，而商毅自问，在这个时空里，又能坚持多久呢？