而这时商毅也下令守卫广柒门的士兵，向大顺军展开反攻，大顺军对商家军在心里上本来就有阴影，而且在正前方的阵地遭到猛烈的阻击之后，大顺军的士气也大受打击，这时又遭倒侧翼的攻击，因此人人心惊，都无心恋战下去，有不少士兵都开始四散逃跑。在这样三面夹击之下，大顺军很快就被打得全面溃败了。
刘宗敏一见形势不对，也立刻开始逃命。这个时候他也不敢向北京的内城里败逃，因为刘宗敏也不知道商家军现在到底有多少人马，而且对于守住北京，毫无信心，因此还是赶紧跑路为上，反正这一套刘宗敏很熟，虽然进了北京，但刘宗敏现在还是流寇心理，打得过就打，打不过就逃，反正这十几年就是这样过来的。见了李自成也有交待，这是被商家军打跑，能怪我吗？好在进北京也有一个月了，刘宗敏对北京的道路也熟悉了不少，于是带领着数百名亲信护卫穿大街走小巷，绕道向城外逃去。
大顺军败退之后，商毅因为急于抢占北京内城，因此也没有苦追，而且留下一个火枪营守卫广渠门，然后又指挥人马直扑北京内城。而这一次可不是再由崇文门发起进攻，而是率军统过天坛，到达永定门内大街上，直奔着直通皇宫的正阳门。
这时大顺军留守北京的兵力几乎都被刘宗敏带出来迎战商家军，北京的内城里留守的大顺军还不到两千人，在正阳门虽然还有二百多名士兵把守，但士兵们在城楼上都看得十分清楚，刘宗敏不知去向，而商家军直扑正阳门，谁还敢再这里抵抗“呼啦”一下，就全部跑光了。
因此商家军毫不费力就打开了正阳门，杀入了北京的内城。
进了正阳门之后，直对的就是后世著名的天安门，越过天安门，就是皇宫的午门，因此商毅立刻下令，二团和四团立刻分散以营为单位，除了火炮营之外，其他六个营分头在北京内城里清缴残余的大顺军。新团分头去占领內城的各个城门，同时也严令商家军的各路人马，绝不许侵侥百姓，而这时朱媺娖急于去找太子、永王、定王等人，商毅也分拨了一个营保护她去了。
随后商毅和亚莉桑德拉带着两个火枪营和骑兵营、西班牙雇佣兵营一起，赶去皇宫。因为商家军一惯军纪严明，商毅到并不但心什么，只有西班牙雇佣兵才是最让人不放心的，这个时代的欧州军队其实和强盗没什么区别，打到那里抢到那里，尽管在进城之前，商毅对西班牙雇佣兵三令五申，严禁他们对平民劫掠杀戳，但还是不能完全相信他们，因此把他们放在自己身边，亲眼看着他们才能放心。
皇宫在北京内城占了大半的面积，从天安门进入，穿过太庙和社稷坛，商毅领军来到了皇宫的午门前。
明朝的皇宫在大顺军进城之后，烧毁了大半，而剩下的一小半中，也遭到了不同程度的破坏，只有武英殿附近的皇宫建筑保存得尚算完好，后来李自成和顺治分别都在北京举行的登基大典，都是在这时完成的。而商毅在穿越之前所见的故宫，基本都是清朝入主中国之后遗留下来的。
不过李自成进入北京之后，一直都住在皇宫里，因此也收拾着比整齐，以前的太监基本都还在，只是大多数年轻貌美的宫女都被大顺军的各级将领抢去，剩下的几乎都是中年以上年纪的宫女。
一路走着，亚莉桑德拉也一路惊叹不己，先前在广渠门上观战，亚莉桑德拉就被北京城雄伟的大气势所震惊，但毕竟只是站在北京外城的边缘，而无法窥视全貌。但进入到内城之后，亚莉桑德拉才发现北京城的规模庞大，竟远在自已的想像之上，而等到了皇宫之后，虽然被烧毀了大半，但从留存的建筑，以及残址的区域，也不难想像，这座皇宫当日是何等的巍峨壮观。
亚莉桑德拉也不禁惊叹道：“我还以为杭州是我见过最庞大的城市了，但这座城市、还有这座皇宫，简直太壮观、太不可思议了，在欧州，无论是马德里、巴黎、米兰、罗马、还是伊斯坦布尔，和这座城市比起来，简直就是一个小山村。罗马的斗兽场、希腊的神庙、和这座皇宫比起来，只能算是一间小房子，能够建造出这样伟大的城市和宫殿，只有神才能做到，但你们是怎样做到的。中国真是一个充满了奇迹的地方。”
商毅笑道：“中国神奇的地方太多了，以后你还会看到更多。”
亚莉桑徳拉摇了摇头，道：“只能见到了这座城市、这座皇宫，以后就算看到再不可思议的事情，我也会认为是正常的。”
两个人正说，只见一大群太监宫女从午门左则的熙和门中出来，左右分开，一付恭迎商毅进宫的架式，而为首的是一个五六十岁的老太监，手捧着一个装饰精美的大木盒子，见了商毅之后，恭恭敬敬的下跪施道：“奴材王德化，参见总兵大人。现有玉玺在此，奉献总兵大人。”