关于双方贸易的协议是：
一、商毅开放浙江宁波府，作为对荷兰的通商口港，禁止别国家的商船停靠宁波港口，但别国家的商船可以在其他港口与商毅进行贸易来往，荷兰可以在宁波建立商馆，但荷兰的驻商馆工作人员不得超过四十人，必须尊守中国的法律，禁止携带任何**武器。违反中国法律，商毅有权力依法给予抓捕、审训和处罚，荷兰可以通过正常渠道提出上诉，但无权干涉商毅的执法。
二、在宁波进行贸易的荷兰商船将尊照商毅的规定，交纳关税，但商毅给予荷兰商船的税收不得超过其他国家的一半。同时将有十二种商品由商毅指定的商行供货，但保证价格与市场价相当，非指定商品，荷兰可以与其他商行进行商业贸易来往。
三、荷兰将开放浙江到菲律宾和马尼拉的航线，准许商毅的船队通航进行贸易，但商毅不能参与对日本和巴达维亚的贸易。
虽双方在关于台湾的协议中，基本承认了台湾由双方共同占领的现状，但划分出了公共区域和保护在台华人的条款中，其实留下了很大的隐患。只要双方的实力平衡一打破，随时都可以从里面找到借口来制造争端，挑起战争。这虽然是商毅所需要的，但荷兰同样也觉得这样很好。说白了双方其实都希望独自占领，而不愿意和对方长期共同拥有台湾。
当然商毅知道荷兰的底细，因为荷兰又是一个小国，全国的人口也才只有二百多万，在全球有那么多的殖民地，放在亚州的经力确实有限。就算想加强对亚州的投入，但荷兰离亚州实在太远，增兵困难，地利优势远不及商家军，而且现在荷兰还在欧州打三十年战争，等三十年战争结束之后，又要面临着英国人的竞争，因此时间拖得越长，实际对荷兰越不利。
而双方的贸易协议在目前来说，到是对互相都有利，荷兰取得了与中国直接通商的机会，不用通过台湾转口，还能够在中国大陆的城市设立商馆，而且在海关税收上也享有十分优惠的条件。尽管还有诸多的限制，但也已经是一个非常大的突破了。这可是西班牙人做了近两百年的梦想，荷兰却一下实现了。
其实开设通商巷口，是一个互惠互利的事情，甴其是在目前，商毅的海上力量薄弱的时候，吸引别国商船到自己的港口来通商，一方面可以增加海关收入，另一方面还可以扩大出口贸易，繁荣社会经济。何况商毅还得到了一条贸易航线的通行权力。
在中国与东亚、东南亚地区的商贸圈中，主要有三条航线，即中国——日本包括朝鲜、中国——马尼拉包括菲律宾、中国——巴达维亚。这三条航线目前都是由郑芝龙集团和荷兰控制，尽管按照协议规定，商毅没有取得对日本和巴达维亚的贸易航线，但商毅本来也就是一穷二白，取得了与马尼拉贸易的航线，也算是一个非常大的突破了。而且马尼拉也是商毅未来要征服的第一个海外目标。
因此単从贸易协议上来看，商毅并不算吃亏。至于另外两条航线的通啇权，只要自己的海上实力扩大了，自然也有马到成功了。什么协议、条约，说白了都是要有实力做保证的。
商毅现在的最大问题是需要时间来扩大自己的海上力量，那怕只给他容出一年的时间来，底气也会足得多，也不致于向现在这样缩手缩脚。说白了，现在对商毅威胁最大的，还是郑芝龙集团。尽管现在商毅还沒有和郑芝龙发生冲突，但只要商毅不放弃发展海外贸易，与郑芝龙的冲突是迟早的事情。因此在现阶段，商毅也不得不与荷兰人联合，才能抵消郑芝龙的威胁。
征服马尼拉，当然不仅仅只是为了帮助亚莉桑德拉，而且确保未来中国参与世界大航海竞争的第一步。在商毅的计划中，整个东亚、东南亚地区，都将成为中国的海上势力范围。因此只有先进占了马尼拉，才能进一步出兵渤泥、巴达维亚，仍致控制马六甲海峡和整个东南亚地区。只有达到这一步，中国才能算是跟上了世界大势，参与到世界的竞争中来。当然这一宏大的目标，也将从取得了对马尼拉的贸易通航权开始。
协议拟定好了以后，林加和哈鲁斯立刻将协议草案派快船送回大员，交给德老典过目。两天之后，德老典也亲自赶到基隆，与商毅正式草签协议。
之所以说是草签，是因为德老典还要将协议送到巴达维亚，让巴达维亚总督确认，然后再送交到东印度公司，由公司议会认可之后，才能算是正式协议。这也是民主国家的麻烦之处。不过徳老典也向商毅再三保证，说这份协议一定会通过公司议会的认可，因为取得了与中国直接进行贸易来往，也是荷兰东印度公司一直梦寐以求的事情，而德老典能做到这一步，可以说是为荷兰东印度公司立下了大功，只要贸易量发生大提升，那么升官晋职是指日可待了。以后就是混到巴达维亚总督，也不是不可能。
不过这一去一来至少也要有三四个月的时间，商毅可在台湾等不了这么久，因此决定先返回浙江，等荷兰东印度公司认可协议之后，再到浙江来正式签约。德老典自然也满口答应，同时又派林加、哈鲁斯和尤纽斯随商毅一起回浙江，并在宁波府考查建立商馆的地址。