于是商家军又等了一天，才向噶玛兰发动进攻，结果在商家军的十门火炮的轰击下，不到一个时辰，噶玛兰的土围城墙即土崩瓦解，而守卫噶玛兰的西班牙军和土著兵也被打得死伤惨重。这才知道双方的实力相差太远了，只好也投降。整个战斗只用了不到半天时间。
而至此，西班牙人在台湾的势力也全部都被商家军接收。离商家军踏上台湾的土地，仅仅只有三天时间。
随后商毅下令，通知商家军管辖地区内的各华人，当地土著，到鸡笼城来参加会议。
台湾土著在后世统称为高山族，实际可以细分为泰雅、赛夏、布农、邹族、鲁凯、排湾、卑南、阿美、达悟-邵族等十余个族群。台湾土著是以社为居住单位，大体相当于村、寨一类。一个社少则一千余人，多则有五六千人。
在台湾东北倍围绕鸡笼和淡水一带，可大体划分为三个区域：淡水河流域、鸡笼东北角一带以及兰阳平原。基本上相当于后世的新北市、台北市、基隆市、桃园县、宜兰县等地，总面积约为二千七百多平方公里。根据西班牙人的资料，在淡水河流域的土著人主要有武胜湾社、基马逊社、圭柔社、八里坌社、北投社、里族社等；鸡笼东北角的土著人主要有三貂社、金包里社等社；位于东部沿海的兰阳平原上则分布着哆啰满社、葛玛兰等社。总计人口约有四万佘人。另外在这些区域內定居的华人也超过了七千。形成了十余个大小华人群落。
经过了十几年的共同生活之后，华人与台湾的土著基本能够相处融合，一来目前台湾还是地广人稀，土地并不紧张，土著以渔猎为生，而华人从事耕作，双方并没有太多利害沖突，相反还能够互补。而另一方面也是因为中国人的性格温和，凡事以和贵，习惯于靠自己的劳动来换取财畗，而不像欧州人那么野蛮凶残，掠夺成性。而且华人还经常与土著交换商品，用粮食、盐、糖一类物品换取兽皮，金、银矿产等物，因此一般土著对汉人都比较友好，而且也非常倚重他们。
几天之后，附近二十多土著村社以及九个华人村子里的头领人等都聚集到鸡笼城，在露天集会一起。
商毅首先向众人着重申明，台湾自古以来，就是中国的土地，不容外人侵占。并且又表明，自己是大明的浙江总系，代表大明朝廷，进驻台湾，驱逐西班牙人。而且从此以后，将在台湾长期驻军，保卫中国的领土。
这番话对土著的触动并不算太大，但来的几十名华人的代表却都颇为兴奋，毕竟是受自己祖国军队的保护，谁心里也都踏实一些。而且有些人对商家军还有些耳闻，知道一些商家军的事迹,因此也更为安心了。
而接着商毅又下令，将俘虏的噶玛兰抵抗的西班牙士兵一百一十七人和土著兵二百四十一人都押上来，当众宣布他们的罪行：侵**国的土地，顽固抵抗，西班牙士兵为主犯，全部都执行枪决，而土著兵为从犯，罚做苦力十年。而且当场众人的面，马上就进行枪决。
几轮枪决之后，一百一十七名西班牙士兵全都倒地身亡，也在场给所有人都带来了不小的震动，既高兴但又害怕，因为西班牙人对自己势力内的华人及土著完全就是以武力征服，而且对他们压迫得十分厉害，毎个村社都要向他们交纳大量物品，并且还要派出大量人力，帮助西班牙人进行建城，修路，建码头等等工作。因此华人和土著对西班牙人都十分痛恨，看到商家军处决西班牙人，自然都很高兴，至少也觉的是出了一口气。
但他们也都清楚西班牙人的武力，他们仗着有先进的武器，过去往往一百名士兵就能打败一个村社。但就是这样一支军队却被商家军彻底打败，而且商家军也使用西班牙军同样的武器，由其是那些土著看了，心里也不免有些害怕起来。
好在商毅随后又马上说明，保证商家军不会向西班牙人那样，压迫众人。同时又宣布，废除西班人制定的一切进供、税收。并且希望华人和土著人能够各安生业，和平相处，公平交易。但必须服从商家军的命令，和用人差遣，当然商家军会提供相应的报酬。同时也告诉众人，以后如果有反抗商家军统治的，不尊守商家军的命令，那就和这些西班牙士兵、土著兵是同样下场。