以前穆陵军的主力兵力共分为六个步兵队，一个弓箭手队，一个骑兵队和一个侦察队，兵力总计为一千六百九十六人。
现在六个步兵队，每队二百人的编制依然都保留。而弓箭手队扩大为两个队，毎队一百八十人，均为一百二十名长弓手和六十名短弓手。骑兵队为扩大到一百八十人。侦察队扩大到一百二十人。各队的队长依然由原来的把总担任。只是骑兵队的队长不在由唐镇兼任，由杨武丞担任，同时他还兼任士兵的枪术教师。另外增设的火枪队一共为四百五十人，其中包括五十名炮手。由罗远斌担任队长和教官。
这样整编之后，穆陵军的主力兵力共计是二千三百一十人，基本都是十八至三十五岁的靑年男子。而十四至十八岁的少年有二百八十七人，编为三个小队。
从箕厔村迁移到穆陵关的居民一共有三百二十七户，共计一千0八十七口人，男子六百二十三口，女子四百六十四口。成年男子四百三十八人，其中十八至三十五岁的靑年男子为二百四十一人，三十五至四十五岁的壮年男子为二百0七人。十四至十八岁的少年有九十五人。
因为箕屋村的团兵经过杨武丞的训练，基础还比较好，因此有一倍份成年男子被抽调到骑兵队里，商毅将剩下的成年男子编成两个队，少年编成一个少年队。
这样一来，穆陵关的总兵力达到了三千多人，实力以经非常可观了。
队伍整编完毕之后，商毅立刻下令，全军开始进行训练。
其实从原来组建民团时开始，到升格成为穆陵军，士兵们一直都在按照商毅的要求，进行着严格的训练。而这一次训练的重点，是刚刚加入穆陵军箕屋村的士兵。首先当然还是从队列训练开始。
和这个时代的大多数武将不同，商毅建军的第一指导思想是士兵尊守纪律，服从命令的关念习惯，而不是士兵的个人战斗能力。在这样指导思想下，穆陵军的士兵个人的战斗力或许不算强，但作为一个团队，整体的作战能力却不容小视。队列训练就是加强士兵尊纪服从观练的最好方法。
不过来自箕屋村的新兵显然对这种枯燥乏味，又极为劳神费力的训练非常不适应，加上大多数人都是农民出身，在一开始的时候，和当初的士兵一样，跟本就分不淸左右。
现在训练队例这样的事情也不用商毅再亲力亲为，都由穆陵军过去的老兵付责，这些老兵自然也秉承了商毅的打骂训练法，一但新兵做错了动作，就会立刻被老兵们骂了个狗血淋头，“这么简单的事情也不会，都是干什么吃的，”“练了几天也记不住，就是这个样子，上了战场也是送死的货”一边骂着，还一边举着棍子，打了过来。
结果几天下来之后，新兵们几乎每个人身上都挂上了几条血印，不过商毅虽然不禁止他们责打士兵，但也不许训练他们的老兵下重手，更不许打要害部位，基本都是朝肉厚的地方下棍子，因此挨打的新兵虽多，但都没有伤筋动骨。
但尽管如此，因为新兵们大多都是刚从农民转化，以前那里受过这种折磨，也弄得叫苦不迭。有不少人都大觉吃不消，于是也有人开始耍小聪明，打歪点子，想法偷懒、磨蹭时间等等。
但商毅对训练的监督十分严格，一但发现有人偷懒、磨蹭，完不成训练量，也毫不客气，立刻就拖出去打军棍。在最初的一段时间，几乎毎天都有新兵被拖出去挨打。
不过商毅也知道刚柔湘济的道理，正所谓是打一巴掌之后，还要给个甜栆吃。大棍也需要胡萝卜来配合。因此在责打完士兵之后，就会立刻让军医来给他们上药，化於消肿，每天还亲自看望士兵，弄得城里的郎中也纳闷，要是千总大人真的心疼这些士兵，为啥又要打他们呢？
而且训练虽然是苦了一点，但士兵的饭食却一点也不含糊，老兵就不用说了，既使是新兵，每餐也是一大碗白米饭，外加两个黑面野菜饼子，隔一天还可以吃到二两肉，不时还会饹个白面大饼什么的，给调剂一下。许多新兵就是过去在家里，也吃不到这样的饭莱。