南京日报看似公允的立场，逐渐将双方胜负之势慢慢倾斜。而在报纸上开了专栏的王世贞，篇篇雄文如同匕首和投枪，最后终于把反对派在民间的舆论也打的溃不成军。
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万历三年十月底，张居正主持大廷议，经过一番讨论并报皇帝批准，朝廷终于出台了海漕政策，而这政策将最后的反抗也打的无影无踪：
朝廷议定，将每年漕运任务分成两半。一半本色，一半折色。
自万历四年开始，将二百万石本色分解成二十份，每份十万石，发包给有意竞标的海商；另外二百万石，全部折色——一方面为将来的一条鞭法打基础，另一方面促进货币流通。
海商若想做这份生意，每年缴纳一千两银子保险金，防着遇到蛟龙——即所谓的龙卷风。这保险金朝廷不收，由海商自主成立保险委员会，自行定损发放，但需要接受户部监管。
海商承运漕粮后，上船多少，下船也是多少，损耗自己承担。如果遭遇了风暴，保险金不足赔付的，自己赔，赔不出来，就破产清算，同时把承运商的资格倒出来。
朝廷就做三件事，一是地方政府把漕粮收上来运到码头；二是朝廷设立部门接漕粮，检验质量并发放运费；三是命令俞大猷以登州为基地，组建海巡船队，保护海运漕粮的安全。
这政策一出，天下凡是想洗白的大海商全都眼含热泪，高喊这一届皇帝好啊，皇恩浩荡的没边了也！我们立即响应号召，拿出一半的走私船，干漕运！
他们为什么这么有积极性？原来江湖中传言，只要能拿到漕运资格，将来就算朝廷大查走私，那还有一半儿的买卖能保住不是。鸡蛋不放在一个篮子里的道理，这些海商比地主都懂。
如此，最后只有运河上下的万余名官员把王宗沐恨到骨头里——你他娘的一个总漕，居然把本衙门给干黄了！王宗沐啊王宗沐，我们一起艹你八辈儿祖宗！
这边刚骂完，朝廷关于他们的安置政策也到了，在户部下面成立海漕运粮司，专门管理海漕事务。由王宗沐加衔户部左侍郎兼管，同时从漕官中选择干练之臣一百三十二名员，进京当京官去。
这下子这伙子人也分裂了，为了这一百来人的海漕运粮司空缺，互相举报扯后腿，差点打出脑浆子。
令人啼笑皆非，而且万万想不到的是。朝廷改河漕为海漕，最后最遭罪的居然是都察院。一方面因为朝廷成立了“河漕改海专班”，又抽调户部、兵部和督察院等部门干员，十几个督察组进行确责、督办并查历年账本和积案；
另一方面——据左都御史葛守礼大人退休之后在笔记中记录，从万历三年一直到万历五年，督察院收到关于漕运官腐败的实名举报信，就堆满了两个大书架——一直等他万历五年退休，扩了又扩的都察院连一半线索还没查完。
而查贪查到手软的都察院，抄家抄到腿软的锦衣卫，最后对众多被揪出来的犯官说的最多一句话就是：你们再等等啊，只要再等三个月，地方不就多了吗？
他们的意思是指，到了万历三年年底，朝廷又在海漕运粮司下面，设置了京畿都漕运司，分了内外，内司在京，负责掌管通州到京师的陆运和仓廪的出纳事务；
外司负责直沽向通州的转运；同时海漕运粮司在湖广、松江、苏杭、福建、江西等地都设立了分支机构，负责地方漕粮转运到码头的各项交接和监督事务——全加起来一千六七百个空缺，在原来的河漕部门找相对干净的，居然没凑全。