然而好景不长，随着隋朝的建立，南北的一统，大量陈朝的歌鸡被大军带走，秦淮河自此衰落，不复六朝时的盛况。
此后的七百多年风雨，一代又一代的王朝不断更迭，秦淮河畔失去了达官贵人的光顾后，也没了丝竹乱耳的喧嚣。直至朱元璋问鼎江山，秦淮河终于再次迎来了自己的辉煌。
在悠久的历史长河中，明代的秦淮河无疑是最动人的那一抹色彩，那里有着明朝最迷人的一群女性，她们用自己的才艺、智慧和美色谱写出了自己绚烂的人生。
当时的秦淮河有着大明最顶尖的优伶和艺伎，这里文人墨客、达官贵族云集，和优伶艺伎们一起形成了一种特殊的文化群体。
在一批又一批的文坛宗师和学术领袖们的培养下，秦淮名鸡成为了大明两百年来最特殊的文化精品。
秦淮河畔有着大明二百年以来的历史沉淀和风月文化，见证了大明的仁人志士们的不屈和卑贱投降者的耻辱，也承载了大明三百年的兴亡史。
明初开国，百废待兴，以娱乐业为主的秦淮河更是萧条和冷清，无人问津，然而在明太祖朱元璋的亲自督办下，秦淮河畔很快迎来了第一批官方培养的艺伎。
“太祖立富乐院于乾道桥”，后来富乐院失火被毁，“复移武定桥等处。太祖又为各处将官妓饮生事，尽起赴京入院。”
聚宝门一带沿着内外秦淮河兴建了轻烟、淡粉等14座高档酒楼，这就是明代著名的“红灯区”--秦淮河畔的“花月春风十四楼”。
明太祖这样做的目的按照记载来看似乎有两个
第一就是用此以示天下太平，盛世已至，与民同乐，“以海内太平，思与民偕乐，命工部建十酒楼于江东门外……而五楼专处以侑酒歌妓者”，“太祖于金陵建十六楼，以处官伎……盖当时缙绅通得用官伎……亦足见生平欢乐之象。”
第二个目的就是可以借此安置犯官家属还可以将烟花之收入纳入国库，一举两得，“两京教坊官收其（娼妓）税，谓之脂粉钱。”
在大明朝廷的鼓励下，经过七百多年萧条的秦淮河娱乐业终于又再度容光焕发，得到了快速的发展。
朱元璋为了防止官员奢侈腐化，“禁文武官及舍人，不许入院，止容商贾入院内。”
然而当老朱去世之后，禁令就仿佛如同一张废纸了。
为整治奢靡风气，于是朝廷宣布官员前往秦淮河瞟宿是犯罪行为，罪名比杀人低一级，就算是以后被赦免，终身也不得为官。
“官吏宿娼，罪亚杀人一等，虽遇赦，终身弗取。”
天高皇帝远，也没多大用。何况皇帝都带头呢？
武宗皇帝本人打着征讨宁王朱宸濠叛乱的名义南下，但是宁王叛乱已经被王守仁讨平，于是本人就在金陵挑选美女歌伎享受生活，“武宗南征驻跸金陵，选教坊司乐妓十人备供奉。宝奴（王眉山）为首，姿容瑰丽出众，数得持巾栉近。圣尊班中，人争求希以媚上，或毁妆以自全。”
自正德以来，皇帝带头享乐，朝廷的逐步放宽，使得秦淮河畔跟随着明朝经济的繁荣达到了一个鼎盛的阶段，“今时唱鸡满布天下，其大都会之地动以千百计。其它穷州僻邑在在有之”，“金陵秦淮一带，夹岸楼阁，中流箫鼓，日夜不绝。”
文人墨客们在这种风气的引领下也开始以前往秦淮河畔享乐作为时尚，他们甚至搞出了一个品鉴名妓的“花榜”。
所谓“花榜”起源自宋朝时期，当时的达官显贵，文人骚客喜欢给秦淮河畔的名妓们品评才艺、美色之高低，故有此榜。
到了明代中后期，当时的金陵作为陪都会迎来全国各地的士子参与会试。由于古时交通不便，在金陵参与科举考试的士子会在当地待很久，少则数月，长则几年，并且还要等待会试结果。
于是在这长期的百无聊赖之中，秦淮河畔就成为了士子们玩乐的好去处。
文人秉性喜好品评人物，所以当时“花榜”品鉴盛行于士子之间，并以此为风雅之事。
“旧院与贡院遥对，仅隔一河，原为才子佳人而设。逢秋风桂子之年，四方应试者毕集，结驷连骑，选色征歌，转车子之喉，按阳阿之舞，院本之笙歌合奏，回舟之一水皆香。或邀旬日之欢，或订百年之约。蒲桃架下，戏掷金钱；芍药栏边，闲抛玉马，此平康之盛事，乃文战之外篇。”
考场得意，人生得意需尽欢；考场失意，换做浅斟低唱。
夫子庙和江南贡院就在秦淮河旁边，也是奇葩。
难道大明如此开放？不注意风化影响嘛？
因为金陵早先并没有正式的贡院，不是在武学讲堂，就是在文墀宫，地方狭小，所以每次考试都不方便。于是到景泰年间，金陵衙门就把秦淮河旁边一处被没收的官员宅邸改造成了贡院。
可以说是凑巧，也可以说是人家就这么豪放。
嘉靖，万历以来，伴随着这些文人墨客，达官显贵们聚集于此地，秦淮河畔的风月也更加的繁荣，仿佛昭示着当今天下在皇帝和百官携手之下缔造了一个太平盛世。
然而，任谁也想不到的是，这是大明盛世最后的余晖，繁荣之下，隐藏着衰亡的危机。
秦淮河畔愈加繁荣，就说明了社会风气愈加的崇尚奢侈享受，而殊不知大明天下早已狼烟四起，满目疮痍。
不过短短数十年间，万历时期的太平盛世仿佛还在昨日，今日就北地已经狼烟四起了。
鞑子虽然远在天边，可流寇中最强的大顺军短毛大统领居然悄悄来了。