时间悄然逝去，上一瞬，上古青还在与阿笠博士交谈，下一瞬，时间便已来到了十五天之后……
这段时间发生了许多事，虽然全都潜伏在暗处，可凭借辰青的记忆，上古青很轻易就知晓了这段日子发生的各种事情。
首先是赤井秀一安排那些FBI的探员将水无怜奈的病房进行转移，从鸟矢综合医院转移到了杯户中心医院。
然不过直到那个时候，水无怜奈依旧没有恢复意识的迹象，FBI一时拿她没辙，只能继续密切监视着她……
就在那段时间，毛利事务所附近突然多了个奇怪的男生，他叫做本堂瑛佑，十七岁。在与毛利共同完成了两场案件之后，他和毛利几人互相认识了起来。
这个本堂瑛佑是CAI潜入组织中一个卧底的儿子。他来到此地的目的，就是为了将与他姐长相极为相似的水无怜奈找出来，然后向她询问一些事。
经过大约一周的时间寻找，他隐隐找到了线索，发现水无怜奈极有可能住在杯户中心医院，便赶紧朝那边寻了过去。
同一时间，在贝尔摩德的努力下，琴酒等人也发现了重要信息，得知水无怜奈就被安置在杯户中心医院。
紧接着，他们就开始了自己的营救计划。
可他们没有想到的是，就在他们开始营救计划的前一天，本堂瑛佑却已经提前和水无怜奈见面了……
其实水无怜奈早就苏醒了过来，只不过为了防止自己的身份暴露，她一直装着昏迷的样子，借此欺骗赤井秀一等FBI的人。
可她没有料到，本堂瑛佑竟会在这一天突然出现在此地。本堂瑛佑的到来直接打破了她的计划，于是，水无怜奈只好和本堂瑛佑相认。
她是水无怜奈，是组织中的基尔，而十年前，她却是本堂瑛海，也就是本堂瑛佑的亲姐姐。她被她父亲伊森·本堂招进组织，因此，她才会和本堂瑛佑分开……
待本堂瑛佑过来之后，水无怜奈就将过往的一切全都告诉了他，而那个时候，赤井秀一和柯南也都站在一旁。因此，水无怜奈的CIA卧底身份彻底被揭晓。
与本堂瑛佑相认之后，水无怜奈担心本堂瑛佑会发生什么意外，便与FBI众人做了个交易。待她重新潜入组织之后，她可以向FBI的人汇报组织内的重要行动。但FBI的人，必须保证本堂瑛佑的安全。
赤井秀一没有拒绝。
接着，到了第二天，琴酒等人的营救计划也随之展开……
营救计划很顺利！
稍微一努力，水无怜奈就成功被琴酒等人给救了出来，完全没有损兵折将的事情发生！
不过，到了当天晚上，琴酒却用枪指着基尔，同时直言不讳地告诉她：组织对刚刚被营救出来的她抱有很大疑虑。
因为他们的营救实在太轻松了，一路上，他们几乎没有受到任何阻碍，这点完全不符合FBI向来谨慎的作风！因此琴酒与组织中的高层才会对基尔深感怀疑。
于是，基尔被要求亲手处理掉赤井秀一，同时由琴酒负责通过摄像头目睹这一切！
基尔同意了。
诱杀的时间就从这个时候开始。基尔成功将赤井秀一喊了出来，并成功将其骗到了指定地点，最终成功将其杀掉。
一切都很正常！正常得甚至显得有些诡异！
赤井秀一被爆了头，倒在自己的车内。接着，基尔给他的车子装上了炸弹，自己则赶紧离开事发现场。
三十秒后，赤井秀一的车被炸弹彻底炸得粉碎，车身被炸出了熊熊火光……
当救援人员赶到的时候，只在车内发现了一具被烧得干焦的尸体，面容已经辨别不出，尸体上可以辨识的地方，也只剩下一只略显完整的右手……
赤井秀一，这个组织的心腹大患，就此消失！
取而代之的，则是冲矢昴！
当然，在这个时候，凭借装死使基尔躲过组织怀疑的赤井秀一暂时还没有化妆成冲矢昴，而是偷偷躲在一个阴暗的角落……
无人发觉……