根据事后的统计，这次冲突中，参与的美国大兵共计有32人，死亡3人，重伤8人，轻伤15人，被捕17人；而参与的日本民众己无法完全统计，大约在1000人左右，死亡11人，其中有7人实际是在受伤之后，又遭到踩踏而身亡，另外重伤41人，轻伤276人，大部份都是因踩踏受伤的，被捕人231人。同时还有22家店铺遭到不同程度的损坏。
对比20余年前北洋水师访问日本时发生的长崎事件，这次冲突的规模更大，并造成了大量的人员伤亡，还有人身亡，而且事后所造成的影响力也要远远大于20年前的那次事件，因此后来的历史文献中，将这次事件称为“第二次长崎事件”。
冲突殴斗虽然被警察制止，但日本民众愤怒的情绪却不可能平息下来，当天下午，就有近万名民众来到长崎海军基地前抗议，而抗议的对像居然不仅仅是美国，而且还有华东**，因为在有的传言中，是华东**的士兵当街闹事，并殴打、杀害了日本人，因此在基地前抗议的日本人要求严惩美国和华东**。
这时日高壮之丞也是头大如斗，没想到自己千防万备，华东**这边到是没出事，但美国士兵却给自己捅了一个大蒌子。
而且就在这时，美国舰队的指挥官斯帕雷上岸来面前日高壮之丞，向他提出了严正的抗议，指出美国士兵是上岸游玩、购物，并未违返任何日本的法律，也没有做任何过激的行为，却无故遭到暴徒的围殴，并造成了人员伤亡，这时还有人被警察逮捕，这是对美国严重的挑恤行为，舰队要求日方严惩肇事者，对美国士兵做出赔偿，并立即释放被捕的美国士兵，同时舰队己将此事通告美国**以及美国驻日大使馆，将由他们对日本进行外交的交涉。
原来逃回基地的美国士兵将事情的经过告诉给斯帕雷，美国舰队的指挥人员顿时都大怒，认为这完全就是一起针对美国士兵的袭击行动，本来美国人就看不起日本，现在日本人居然还敢无故的攻击美国士兵，并且还抓捕了17人，这还得了，于是斯帕雷立刻下令，16艘战列舰全都做好战斗准备，然后亲自上岸来找日高壮之丞，向他提出抗议与条件。
其实到这个时候，日高壮之丞也己经基本了解了整个事情的经过，因为长崎地方警察局抓到美国士兵之后，也知道事态的严重性，到是不敢随意审讯美国士兵，但对抓住的日本人却可以审一审，而被捕的日本人也是众说不一，有的说见美国士兵当街打人，有的说是美国士兵抢劫，还有的说是华东**的士兵在作恶，并一口咬定和自己殴斗的是华东**的士兵。
不过审问的警察毕竟是有经验的人，会说不如会听，在连审讯了数十人之后，大体也明白事情的经过，因为抓捕的人员中有不少是在警察局备案的极端激进社团成员，这次访问期间，这些社团都遭到警察局的严密监视，就是怕他们闹事，结果还是百密一疏，让一个不起眼的小社团钻了空子，而且还闹出了这么大的事情。只不过既没有抓捕到华东**的士兵，在死者当中也没有发现华东**士兵的尸身，因此不能确定有没有华东**的士兵参与。
警察局的负责人也不敢怠慢，毕竟是外交事件，而且抓到了17名美国士兵更是烫手的山芋，关也不是，放也不是，于是赶忙来见日高壮之丞，向他报告事情的经过。
而日高壮之丞一听，比警察更明白是怎么回事，因为他十分清楚，日本民间对华东**的敌视态，因此有人憋着在岸上逮住几个华东**的士兵打一顿，一点也不足为奇。但这次来访的华东**舰队纪律严明，一直都严禁士兵上岸活动，更不要说是上街，而且华东**的4艘军舰并未靠岸停泊，而是在港口中下锚，上岸需要用小艇接送，因此也基本不可能有人偷偷离舰上岸。这次事件肯定是和华东**没有关系，要么是日本人把美国人当中国人打了，要么是找不到中国人，只有拿美国人撒气，当然后一种可能性更大一些，毕竟中国人、美国人还是很好分辩的。
不过知道事情的真像是一回事，但怎么处理就是另外一回事了，因为现在事情闹得太大，死人都死了十几个，要是日本人，死了也就死了，但偏偏还死了三个美国人，确实不好收拾，老实说这己经不是日高壮之丞这个级别的官员所能够处理的了，因此面对斯帕雷的抗议，日高壮之丞也只能表示，现在自已己经没有权力处理这件事情，只能由两国**来协商解决。