德佑朝廷、袁世凯都接受了华东政*府和英法等国的调停，虽然奉德朝廷不甘心，毕竟以现在占据的地区为界实行停火，奉德朝廷的损失最大，因为奉德朝廷现在实际就只有福建一个省，而且福建的地方本来也不大，这时己被袁军攻占了邵武府，还有建宁府、延平府、汀州府的部份地区，因此如果是以现在占据的地区为界实行停火，奉德朝廷自然吃了个闷亏。
当然奉德朝廷的日本顾问心里明白，这实际是英法等国有意要修理奉德朝廷，实际也就是打德佑朝廷的靠山日本的脸。但现在的大局己定，如果奉德朝廷不接受调停，结果只能独自面对袁军的进攻，而以现在奉德朝廷的实力，根本不可能是袁军的对手，至于日本出兵干涉，也就是那么一说，其实谁都明白，这是根本就不可能的事情，因此也只能忍下这一口气，接受了这个结果。
三方都接受了调停，南方战争自然就结束了，袁世凯无疑成为战场上的胜利者，不仅自己控制的地区都收复回来，并且占领了湖南看的彬州和长沙府的部份地区，福建省的邵武府、汀州府的大部份地区，建宁府、延平府的部份地区，合计大约有5万多平方公里的地区，人口约有百万余众。不过袁世凯自身损失是，阵亡士兵5000余人，受伤8500余人。另外还俘虏了德佑、奉德的战俘约15000余人。
而德佑朝廷阵亡士兵35000余人，受伤20000余人；奉德朝廷阵亡士兵23000余人，受伤7000余人。
不过战争虽然结束，但中国南方的和平局面却被彻底打破，三方都抓紧这休战的时间，扩军备战，准备下一次战争。
德佑朝廷在英法等国的支持下，首先平复了新进势力的夺权行为，然后重新招兵扩军，计划编制12个镇、6个协的军队，共计约20万军队，其实德佑朝廷治下的人口接近1个亿，编制20万军队当然不算难事。只是现代军队只有人是远远不够时，还需要武器弹药、步枪火炮等，虽然德佑朝廷治下的人口、地盘都不少，但工业基础十分薄弱，除了湖南还有一点近代工业企业之外，其他地区基本就是一片空白，因此军队的武器装备几乎全部都要向英法等国购买。
而要购买20万军队的武器装备，所需要的资金自然不会是一个小数目，而德佑朝廷治下的地盘虽大，但财政收入主要是靠农税，虽然四川号称“天府之国”，但朝廷的收入依然是有限的，何况南方战争己经耗资巨大了，因此现在德佑朝廷根本拿不出这笔钱来，只能选择加税。
如果说德佑朝廷还能免强维持，奉德朝廷就是只能苟延残喘了，毕竟就这么大的地方，还被袁世凯占去了不少地区，就是有天大的本事，也是巧妇难为无米之炊。不过也不能就这样躺平了，多少还要挣扎一下，军队自然是要重新招募整编，重振旗鼓，而需要的武器弹药等还要向日本购买，而组建军队的钱从那里来，也只能加税了。
当然，在英法等国的劝告下，奉德朝廷最终还是选择和德佑朝廷联合，取消了皇帝的名号，由德佑朝廷策封溥儁为奉德亲王，永守福建，在名议上向德佑朝廷称臣，最终实现了两溥的联合。
两个朝廷都在积极的扩军备战，袁世凯自然也不能闲着，虽然他是这次南方战争的最大蠃家，但其实也赢得很险，而且以后自己要同时面四川、福建两个方面的进攻，因此扩充军队也成了当务之急，于是袁世凯决定，将自己的军队扩编成8个镇，6个协，总计兵力约15万左右，当然这次战争中俘虏了15000余对方的士兵，也都编入新编制的军队中，毕竟这些俘虏都是经过一定的军事训练，又经历过战场，也算是老兵了，可以很快就上手。
另然当然是武器，袁世凯十分清楚，如果要拼人头，自己肯定是拼不过德佑朝廷，因此只能走精兵路线，给自己的军队配备更好的武器，这次战争能蠃，自已的军队有更好的武器，更强大的火力，也是一个重要的原因。
只是精兵都是拿钱堆出来的，而袁世凯的地盘虽然经济较为发达，但毕竞太小，因此为了组建精锐军队，袁世凯也同样采取加税的手段。