六月一日，武田晴信在获得今川义元所派遣的三百余援军援助后，便开始对小笠原长时和藤泽赖亲发起了反攻。很快，板垣信方所部攻落了龙崎城，小笠原长时在兵败地失之后只能逃回了本据林城。至此，藤泽赖亲在失去了唯一的外援后，上伊那郡已经大势已定了。
六月十五日，藤泽赖亲通过武田家重臣今井信甫、小山田信有、穴山信友等人从中调停，向武田晴信献上了誓书和人质，向武田家投降了。不仅如此，在武田晴信的要求下，藤泽赖亲只能烧毁福与城，并退出此城。
随着高远赖继的逃亡以及藤泽赖亲的投降，武田晴信成功的占据了上伊那郡不少领土。武田晴信还趁着小笠原长时败退回林城的时候，乘胜追击，于桔梗原再次大败小笠原军，之后于六月十七日凯旋返回了甲府。
在相继消灭宿敌之后，武田晴信便在信浓诸郡开始了随心所欲的侵攻。往后的绝大多数敌人，都跟武田晴信以往没丝毫的纠葛，都是受到其侵攻的受害者。
一年之后，武田晴信再次尽发领内之军，以倾国之力再度攻入佐久郡，攻向了佐久郡的国人领主大井贞清所据守的内山城。
而大井贞清可不像藤泽赖亲一样有那么多的外援支持，虽然大井一族几乎遍布佐久郡，但是大部分大井一族出身的国人领主们皆在武田军攻入大井领的时候选择了隔岸观火，并没有理会大井贞清的求援。
一开始武田军便相继攻陷大井贞清的岩屋城、村田城等重镇要地，并且将大井家的本据内山城也团团包围了起来。由于内无粮草、外无救兵，大井贞清仅仅只是坚持了十余天就支撑不住，便向武田晴信开城投降了。武田晴信随后任命家臣小山田虎满为内山城的新城主。
尽管大井家向武田家降服了，但是作为大井家家臣的笠原清繁却并没有与其主大井贞清一样向武田家降服。笠原清繁甚至还主动倒向了山内上杉家，妄图在山内上杉家的旗下继续割据志贺城。
随后武田晴信趁着大胜，继续进军攻打没有主动降服并且固守在志贺城的国人领主笠原清繁。但是在笠原清繁严防死守之下，武田晴信对此亦对易守难攻的志贺城是无可奈何。毕竟唇亡齿寒，闻讯的上杉宪政当即组织援军赶来支援志贺城，他以金井秀景（仓贺野十六骑之一，仓贺野秀景）为总大将，率和田家、后闲家、大户家、大胡家、山上家、安中家、木部家等上野国人领主们，迎击武田军。
山内上杉家在关东屡次失利，威望大损，也急需在其他战场获得一场胜利以此来振奋人心。
武田晴信派遣板垣信方、甘利虎泰、横田高松等重臣率军于小田井原伏击这支由上野国人领主们所组成的援军。由于金井秀景所率的山内上杉军并不熟知佐久郡的地理，导致被武田军伏击后惨败，其有力武将十余人阵亡，被讨取杂兵在内的三千余人。“山内上杉家自是不振”，之后再也无力组织起任何一支规模超过千余人的军势了。
随后，武田晴信便令麾下足轻将这三千多颗首级全部放置在志贺城外，并且一一进行碟刑，试图从气势上震慑敌军。结果志贺城的守军一看这情形，顿时吓得心惊胆战。武田晴信又趁机切断了志贺城的水源，城里守军的喝水就成了极大的问题，就此陷于了困顿之中。
到了天文十六年，二月一日，武田军冒着大雪对孤立无援的志贺城发起了猛攻，并且将其攻落。随后，武田晴信就将城内坚守不屈的笠原清繁与高田、依田等族以下三百余人尽数讨取。武田晴信甚至还将笠原清繁的正室赐给自己的重臣小山田信友为侧室，以嘉奖他的战功。
攻陷志贺城后的武田晴信，便彻底消灭了最后一个反抗武田家统治的佐久郡国人领主，从而控制了佐久郡一郡之地。就这样，武田家与广义上控制北信浓四郡的村上义清全面接壤，两家的矛盾也就不可避免地深化了。