这时候的徐树兰，接触了蔡元培几次后，深为蔡元培的才学而打动，并为他们后来的合作奠定了基础。
徐树兰府离蔡元培家很近，所以选择徐家，这是个重要因素。因为蔡元培的母亲这时病得很重，他要就近照看。
蔡元培事母极孝，有一段割肉救亲的故事。
蔡元培的母亲很年轻就守了寡，一个人要拉扯三个孩子，长期的劳累使她老人家积劳成疾。这一年母亲胃病加剧，服了很多药却一直不见好。他每天都在母亲身边侍奉，煎药喂饭，毫不懈怠马虎。
有一天，蔡元培听人说割臂肉入药可以愈病延寿，于是瞒着家人自己悄悄地找了把刀子，把左臂上的一小片肉割下来，和入药中煎好，让母亲服下去。蔡元培的三弟听说哥哥这么干，竟也仿效哥哥，割臂肉入药医治母病。
因为，割肉入药是必须让人知方能有效，这个行为让蔡元培兄弟深受左邻右舍乡亲们的赞叹。
在今天来说，这实在是件很蠢的事。但在当时来说，这是孝敬父母的最高表现。在同一个时代，还有一个割肉救亲的故事，发生在近代禅宗泰斗来果禅师身上。
在他的《自行录》里有这样的自述：“余十八岁时，父染隔食病馀，饮食未沾，身体羸瘦，气绝如缕，百医难治，束手无策，衣衾棺椁已为备办，待死而已。每阅前贤多方行孝，挽救亲疴，我何人乎，其不愧欤？由是立誓，愿舍生命，赎父病痊，如不能生，誓死替父。即夜避去家人，孤身危坐，取快刀、饭碗、磨刀石，各件具备，以刀割裂胸口，不料割开后，刀口三寸宽四寸长，大气直冲，又恐气息不从喉出，乃急解裤带一根，当刀口束住，热气止出，气从喉上，方始放心，否则危急万分。迨至数日后，复求神佑，刀伤早愈，免使人知，令父不悦。即夜梦中见一老者在前，用手抹擦数转，无言而去。次早掀胸私看，刀口合缝，还复如故，诚心感召，神必有灵，可谓无妄矣。”
还有一个近乎白话文的版本：“十八岁时，禅师的父亲病重。禅师侍奉床前，父亲病危弥笃之际，禅师说：历来大德都孝心之举，何来我不可？于是先独自僻静室跪于佛前，焚香净身,乞求加持，良久,取刀于正胸自己划开，刀钝再磨，反复几次终于划开。此时刀和身体上都无血，手伸进去，一团极圆的干血（佛菩萨加持）球滚将出来，落在掌心，置于盆中。再伸手进去，将三分之二的肝割了出来。肝在手中如沸水跳动，伤口不能合拢，直冒热气，取腰带裹衣扎紧。肝包在豆腐里钝了，端去父亲病榻前。父亲食过再要，禅师只有好言安慰。不多时，父亲转危为安，直到病愈。”
来果禅师（1881-1953），俗家姓刘，名永理，字福庭。湖北省黄冈县人。出家后，法名妙树，字来果，号净如。
由此可见，在那个时代，传统的孝道是深入人们骨髓之中的。对父母的孝敬，再扩展到对他人的忠恕仁义，这些都造就着人们的刚烈之气和舍生取义的情操。由来果禅师的这一段自述，也可以联想，刚刚成年的蔡元培的血气方刚与对慈母的情怀，以及受传统的伦理观念影响之深。
但是，蔡元培挚爱的母亲终于没有抵挡住死神，撒手人寰。
母亲去世后，蔡元培悲痛欲绝、号啕大哭。为表达对母亲的哀思，他不顾家人劝阻，按照传统礼教中的指示，“夜则睡草席、枕土块为母守灵”。
其兄弟看到这种情形，也把床设在灵堂，陪他一同守灵。
在母亲灵前，蔡元培眼前浮现着慈母生前一幕幕的往事。
晚上，蔡元培在灯下读书，母亲总是陪在身侧，有时见儿子困顿了，便督促其早点歇息，而到翌日又早早喊蔡元培起来读书，说早睡早起，学习的效果更佳。
每次参加科考，母亲都早早起来做饭，为儿子收拾行装。……
蔡元培在其“自述”中言道；“我母亲是精明而又慈爱的，我所受的母教比父教为多，因父亲去世时，我年纪还小。……我母亲最慎于言语，将见一亲友。必先揣度彼将怎样说，我讲怎样对。别后又追想他是这样说，我是这样对。我错了没有？切时时择我们所能了解的，讲给我们听。为我们养成慎言的习惯。
“我母亲为我们理发时，与我们共饭时。常指出我们的缺点，督促我们用功。我们如有错误，我母亲从不怒骂，但说明理由，令我们改过。若屡教不改，我母亲就于清晨我们未起时掀开被头，用一束竹筱打股臀等处，历数各种过失，待我们服罪认改后已。选用竹筱，因为着肤虽痛，而不至伤骨。又不打头面上，恐有痕迹，为见者所笑。我母亲的仁慈而恳切。影响于我的品性甚大。”
蔡元培深知，母亲对他的希望最大，殷切希望他能学有所成，光耀门庭。在母亲灵前他暗暗下定决心，一定要更加刻苦地读书，以便求取功名、光宗耀祖，报答母亲的养育之恩。