戊戌变法和新政如同一场春梦，在腥风血雨中烟消云散。往昔热心维新的友朋已作鸟兽散，就连做事稳健的好友张元济也被革职出京。
蔡元培再也没有心思在北京当官了，断然于1898年秋天离开北京南归。蔡元培这种举动，很容易让人怀疑他是康梁同党，但他丝毫不作辩解。
此行，其实是在和他一直以来走的仕途之路的告别之旅。
经过十天的行程，1898年10月26日，蔡元培和家人从京城回到了阔别多年的绍兴老家。
深秋时节，比起秋风瑟瑟，一派萧杀景象的京城来，家乡显得格外温馨、平静、怡然。
蔡元培家住的笔飞仿是有故事的。传说书法大家王羲之曾住于此处，有一老姬，不厌其烦常来此求王羲之题扇面，后要到处炫耀。有一次，王羲之实在是不耐烦了，竟将笔随手抛出。笔却一飞冲天，笔飞仿便是来源于此。这故事听起来很像是神话，但附近有戒珠寺，山门内有王羲之的塑像，据说这寺先前曾是王羲之的宅院。
蔡元培站在笔飞仿自家庭院中，四周的一切似乎依旧是老样子，唯独那块悬挂在门庭上方的“翰林第”匾额，好像在提示主人在这里曾经经历过的荣耀与辉煌。
然而，耀祖光宗的记忆在闯荡大千世界和领略新学新知后，早已失去了原有的华彩。四年京官生活的风风雨雨，差不多也荡尽了仕途腾达的残梦，所余下的只有那纯属于自己的书生本色。
路在何方？自己今后的人生之路当如何去走？
回顾了他所接触的新知对他产生的强烈冲击，他感到，只有千千万万的中国知识分子具备他这样对世界的认知，具备全新的思维，在灵魂深处来一场革命，从意识上改造中国人，才可能从根本上改变中国的国是。
此时此刻，荣耀脑际多时的投身新教育的念头，变得清晰而强烈。这是自身特长和兴趣之所在，这也是目睹维新党人惨烈失败后，他所认定的一条报国之路。
还真机缘巧合，机会很快来了。
绍兴作为文化重镇，在这个时期理所当然的也受到甲午战争后维新思潮的冲击，出现了一批热心研究西学的有识之士。就在蔡元培回绍兴的前一年春，徐树兰和绍兴知府熊起磻，创办了绍兴唯一一所新式学校——绍郡中西学堂。
由于蔡元培的身份和学问上的声望，这年12月，徐树兰和熊起磻礼请蔡元培为学堂的总.理，也就是担任校长，主持校务。这正是蔡元培想干的事。
既然已经认识到，康梁变法，没有预先培养大批革新人才，而试图以少数人夺取政权、排斥顽旧，是注定是要失败的。现在，他入主中西学堂，不是正好给了他用新知培育英才、施展教育救国的实践机会。
这是一条全新的路，也是完全不同的人生，没有眷恋，没有犹豫和彷徨。
蔡元培马上就进入角色，着手接管校政。
绍郡中西学堂，是由徐树兰捐资并筹得部分府衙官款办起来的。地点在龙山脚下古贡院的西侧。开办之初有学生三十余人，所学相当于后来的高小和初中的程度。
当时，蔡元培给人留下这样的印象——身材短小、文质彬彬、儒雅风流，时常与朋友喝酒、畅谈。和许多一谈到维新变法就“谈虎色变”的人们不同，很多时候，他更愿意和大家一起分析戊戌变法失败的原因。
那时的学生蒋梦麟，曾这样回忆他所见到的蔡元培：“蔡先生年轻时锋芒很露。他在绍兴中西学堂当校长时，有一天晚上参加一个宴会，酒过三巡之后，他推杯而起，高声批评康有为、梁启超维新运动的不彻底，因为他们主张保存满清皇室来领导维新。说到激烈时，他高举右臂大喊道：‘我蔡元培可不这样。除非你推翻满清，否则任何改革都不可能！’”
此后，无论年纪大小，人们都喜欢称呼蔡元培为先生。先生，这本是个对人的很普通的尊称，但对蔡元培来说，是不一样的，是尊重，是敬仰，是对他一生事业和做人的肯定。