在唐帝国海军判断美军的反击方向的时候，美军内部也产生了分歧，与唐帝国一样，美军在将主力投入西南太平洋还是中太平洋上的意见是完全不一样的。
按照尼米兹的观点，中太平洋永远是战场上的重点。这里直接关系到了夏威夷群岛的安全，而夏威夷群岛又是美国本土的西大门，如果夏威夷群岛沦陷的话，那么唐帝国肯定将继续东进，攻击美国本土，或者是在中美洲大陆上登陆，拉墨西哥下水，到时候，美国就将面临地面战争的威胁了。更重要的是，夏威夷群岛沦陷之后，唐军可以顺势南下，扫荡整个南太平洋上的岛屿，结果美国将彻底与澳洲大陆失去联系，就算在澳洲大陆上部署多少兵力，也迟早会被困死。因此，要受澳洲大陆，就必须要守住夏威夷群岛，夏威夷群岛是整个战场上的关键。
尼米兹的判断并没有错，不得不承认尼米兹的战略眼光。这其实也是大部分海军将领，包括哈尔西，斯普鲁恩斯，金上将等人的共同观点，夏威夷群岛是美国海军在太平洋上的防御底线，而现在唐帝国已经攻占了威克岛，只要有足够的能力就将进攻中途岛，进而登陆夏威夷群岛。就算不考虑到反击马里亚纳群岛，也必须要首先巩固中太平洋上的局面，奠定反击的基础，然后再图谋别的方向。
可这并不代表所有美军将领的态度。以麦克阿瑟为主的陆军将领则坚持认为应该加强在西南太平洋上的投入。麦克阿瑟提出的理由也很正确。一来这是唐帝国重点进攻的方向，唐帝国在西南太平洋上投入重兵，如果能够重创唐帝国在西南太平洋上的进攻的话，就能够扭转整个战局，为战略反击奠定基础，并且从此拉开战略反击的序幕。二来，这是巩固澳洲这个重要盟友的必须投入，虽然澳洲的军事力量并不强大，但却是最重要的盟国之一，澳洲的态度对整个同盟都有很大的影响。第三，澳洲大陆资源丰富，如果这些重要资源落入了唐帝国手里的话，将极大的助长唐帝国的战争实力，而这也正是唐帝国要在进攻美国本土之前进攻澳洲大陆的主要原因。
结合这几个原因，麦克阿瑟坚决主张将主力投入西南太平洋战区，先在该方向上挫败唐帝国的进攻，然后发动反击，收复失地，为今后进军南洋地区奠定基础。而绝大部分陆军将领也表示了支持，美国陆军总参谋长马歇尔也站在了麦克阿瑟一边。
美国海陆两军为反击方向的问题争吵了好长一段时间，甚至为此剑拔弩张。双方提出的理由都非常充足，而且还利用各自的影响力，明争暗斗，要较出个高下来。当然，从根本上讲，这也是因为两个战区司令官导致的，而双方的代表人物正是尼米兹与麦克阿瑟，而且两人都不让步，都要求获得新的航母以增强战区的作战力量。
闹到十月份，美国总统坐不住了。谁都知道，如果陆海两军闹矛盾的话，受到伤害的也是美国。为了平息两军的矛盾，美国总统还在十月中旬到了珍珠港，特意把麦克阿瑟从布里斯班叫了回来，邀请尼米兹与麦克阿瑟共进午餐。在餐桌上，美国总统极力协调两位上将的分歧，并且极力撮合海陆两军携手作战，而不是闹矛盾。在美国总统的努力下，尼米兹与麦克阿瑟各让了一步，最终达成了一个妥协协议。
新入役的四艘航母与两艘战列舰等战舰将首先编入第五舰队，由尼米兹指挥其在中太平洋方向上发动反击。同时，美军将重点向西南太平洋战区提供兵力支持，加强西南太平洋战区的防御力量。而航母特混舰队在完成了太平洋战区上的反击行动之后，将立即调入第三舰队，在西南太平洋战区发动反击。
达成了这个协议之后，麦克阿瑟拿着二十个师，上千架作战飞机，以及大批作战物资的承诺满意的返回了布里斯班。实际上，麦克阿瑟也有自己的小算盘。他也知道，尼米兹不会轻易让步，而这事如果闹到需要总统出面来协调的话，那么总统肯定会占在尼米兹一边。因此，麦克阿瑟在一开始就提出了一个无法获得的天价，随后通过协调逐步降低要价，拿到自己更需要的兵力以及航空兵，以巩固西南太平洋战区的防线。
可以说，麦克阿瑟是很老练的，就如同一只老狐狸一样。现在，问题到了尼米兹的手里，有了舰队，有了反击的力量，但是由谁来指挥进攻，以及在哪里进攻，怎么来组建新的特混舰队，需要投入多少地面兵力，需要准备多少战争物资，具体的作战计划等等，这些都需要确定下来，而这些问题每一个都直接关系到了反击的成败。
也许，尼米兹不得不感谢他那个好参谋长。斯普鲁恩斯不但是一位出色的舰队司令官，而且还是一位出色的参谋长。作为一个谨慎，细心，而且非常稳重的将军，斯普鲁恩斯实际上更适合扮演参谋这个角色。在确定了主力舰队将编入第五舰队之前，斯普鲁恩斯就已经猜到了这个结果，并且针对各种情况制订了一系列的作战计划。在尼米兹把好消息带回来的时候，斯普鲁恩斯就将这些计划提交给了战区司令官，而且还重点讲解了采取不同进攻线路所具有的好处，以及所无法避免的缺陷。
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与聂人凤一样，尼米兹没有立即决定反击方向，而是要求情报部门尽快提供唐帝国军事调动与部署的情况，然后针对唐帝国的军事调动与部署来确定具体的战术，而斯普鲁恩斯则负责完善这些计划。
相关的命令也立即安排了下去，比如需要集中的陆战队，需要囤积的作战物资，还有相关部队的调动，都很快的安排了下去。绝大部分命令是由尼米兹授权斯普鲁恩斯做出的，这也看出了尼米兹的用人特点，以及斯普鲁恩斯在处理细节问题上的能力。可还有一个问题无法解决，那就是谁来指挥舰队作战？
尼米兹一度想把哈尔西从西南太平洋战区调回来，让哈尔西担任舰队司令，可这存在秒年个个问题。第一，除了哈尔西之外，没有更适合的第三舰队司令官的人选了，换了那些少将过去，还不被麦克阿瑟吃得死死的，恐怕也只有哈尔西（已经升为中将）敢不买麦克阿瑟的帐吧。二是哈尔西回来之后，他与斯普鲁恩斯的位置将倒挂，而斯普鲁恩斯现在还是少将战区参谋长，到时候就存在少将指挥中将的尴尬局面了。
这两个问题让尼米兹放弃了调哈尔西回来的决定，可问题是，除了哈尔西之外，他就只敢把舰队交给斯普鲁恩斯指挥。弗莱彻已经完蛋了，而别的新提拔起来的舰队指挥官都缺乏实战经验，这次反击的意义极为重大，失败了就等于输掉了太平洋战场上的最后砝码，输掉了半年之内的主动权，美军是经不起任何失败的。结果，尼米兹只能把斯普鲁恩斯从战区参谋长的位置上撤下来，调任第五舰队担任司令官，同时兼任第51特混舰队司令官，由其指挥舰队作战。