经历了大傻谷的不可思议，小智一行人继续着他们的旅行，途中他们遇到了寻找小次郎的老管家，看了一出小次郎家的伦理苦情剧，也见证了小次郎和卡蒂狗的深厚友谊。结束了混乱的一天，小智等人继续着旅行。
这一天，他们刚刚走出一片森林，来到了一个岔路口，小智终于找到电话，赶紧跟大木博士联系。
“喂，大木博士，我是小智啊！”小智焦急的注视着屏幕。
“小智啊，我终于等到你的电话了！快告诉我！那些家伙你是从哪收服的！这可是重大发现啊！！！”电话一接通，大木博士就趴在显示器上，急切的询问着。
“大木博士，你就别问了，我是不会说的，你也不想他们平静的生活被打扰吧，如果被人发现了他们的存在，他们会被一网打尽的。”小智劝说道。
“说的也是，我也是太想知道他们的信息了。研究员的老毛病了。”大木博士冷静下来，不好意思的说着。
“博士，那几个家伙不是在你那吗，还不够你研究么？当然了，你可不能公布他们还存活的事情，就说从化石研究得来信息吧。”小智有些放心不下的嘱咐道。
“那是当然，我知道了。”大木博士保证到。
“对了，我还收服了一只化石翼龙，另外，还有一只神奇宝贝在正辉博士那里，你联系下他，你们一块研究吧，图鉴第145号，你应该不陌生吧，好了，就这样吧，剩下的你和正辉博士商量吧，再见了。”不等大木博士追问，小智立刻挂断了电话。
“话说，终于走出森林了，话说我们现在在什么地方啊？！好想找个地方休息一下。”经历了长途跋涉，小霞一脸疲惫的说到。
就在一行人准备修整一下的时候，走过来一个大叔，看样子也是旅行的训练家，准备和小智来一场神奇宝贝对战，战斗狂人的小智可是不会拒绝的，毕竟路上发生的战斗也是训练家修行的项目之一。
“山男对抗小智，使用的神奇宝贝为一只，比赛现在开始！”小刚当起了裁判，小霞则在一旁观战并摇旗呐喊。
“去吧！铁甲犀牛！”“上吧！妙蛙草！”双方迅速派出自己的神奇宝贝。
山男的铁甲犀牛一出场，巨大的体重便使得大地震颤，看起来实力不俗。
“铁甲犀牛么？妙蛙草有属性优势呢！”小霞欣喜的说着，毕竟小智是一起旅行同伴，当然还是有偏向的。
“我就不客气了！铁甲犀牛！用猛撞！”山男没有犹豫，立即下令攻击。
铁甲犀牛奔跑起来，猛撞攻击发动。每次踏向地面都使得地面震动，好像发生了地震一般，一旁的皮卡丘和小霞都有些站不稳了。
“妙蛙草！稳住身形！使出寄生种子！”小智没有没被对反的气势压倒，冷静的反击。
可是对面的铁甲犀牛似乎等级很高，本来速度不占有的它瞬间冲到面前，猛撞绝招命中，妙蛙草来不及躲避，正面吃了一击，受了不小的伤害，可是它立即站了起来，恶狠狠的看着铁甲犀牛。
“小智，对方的等级不低，要小心啊！”小霞在一旁提醒道。
小智点了点头，也意识到了这一点，看来要认真一点了。“妙蛙草！要冷静！”小智意识到自己的妙蛙草有些着急，安慰的说着。
“铁甲犀牛！继续使出猛撞！”山男乘胜追击，继续下令攻击。
“妙蛙草！反击！使出飞叶快刀！”小智稳住阵脚，随即下令。
妙蛙草全神贯注，跳起来躲过了猛撞攻击，并在空中使出了飞叶快刀，铁甲犀牛来不及回头，被准确命中，由于属性的克制，效果拔群。
“很不错嘛！不过还没完呢！铁甲犀牛！角撞攻击！”山男改变战术，下令使出了角撞。
“妙蛙草！使出睡眠粉！”小智没有硬抗，下令迎战。
妙蛙草再次起跳，不过铁甲犀牛的共计依旧十分迅速，角撞攻击并没能完全避开，但是妙蛙草咬牙坚持使出了睡眠粉命中了铁甲犀牛，铁甲犀牛摇摇晃晃的陷入了沉睡状态。
“可恶！站起来啊！铁甲犀牛！”山男呼喊着自己的神奇宝贝，可是铁甲犀牛依旧呼呼大睡。
“趁现在！妙蛙草！使出藤鞭！”小智乘胜追击，妙蛙草藤鞭迅速发出，不断的抽打着铁甲犀牛，不一会，铁甲犀牛的眼睛就变成了螺旋状，失去了战斗能力。
“铁甲犀牛失去战斗能力！妙蛙草获得胜利！所以胜利者是小智！”小刚宣布了比赛结果。山男收回了自己的神奇宝贝，祝贺了小智之后离开了。
就在小智准备收回妙蛙草的时候，妙蛙草背上的花骨朵散发着微弱的光芒。
“这...难道是进化的光芒，妙蛙草要进化了么？”小刚最为饲育家的敏感嗅觉发现了妙蛙草的异样。可就当众人围过来的时候，光芒有再度消失了，仿佛一切都没有发生，可是妙蛙草却看起来不太舒服的样子。
“光芒消失了，难道说是...先去神奇宝贝中心找乔伊小姐看看吧。”小智突然想到动画的剧情，想起这段发生的故事，立刻建议众人前往神奇宝贝中心。
来到神奇宝贝中心后，经过乔伊小姐的检查，并未发现妙蛙草有任何异常，只是有些外伤，贴了绷带就好了。但妙蛙花回复体力后还是一副无精打采的样子，一行人商议后，准备先在神奇宝贝中心休息一天再做观察，妙蛙草也在病房里住了下来。
夜里，小智回想着记忆里的剧情，动画中小智的妙蛙种子拒绝改变形态，强迫自己不进化，才使得身体不适，可现在妙蛙种子已经进化成妙蛙草了，按理说不应该出现这种状况了，这到底是为什么呢？
想不出结果，小智难以入睡，准备出去走走，看看妙蛙草的状况，就在出门的时候，小智在大厅碰见了乔伊小姐。
“乔伊小姐，还没休息啊。”小智客套着说着。
“还有几个神奇宝贝需要治疗，马上就结束了，你的妙蛙草还是没能发现什么异样，真是不好意思。”乔伊小姐有些歉意的说道。
“没关系的，反正健康也没什么异常，不关乔伊小姐的事。”小智无奈的说着。
“其实我有个猜测，妙蛙草的症状就是进化的征兆，但是似乎少了点什么，不过，如果你能够找到妙蛙种子的不可思议花园，或许能够找到答案。”乔伊小姐建议到。
“妙蛙种子的不可思议花园？那是什么地方？”小智明知故问，当然，他不能表明自己知道那个地方。
“传说每到这个季节，妙蛙种子到了进化的节点都会聚集到一个特定的地点，在一个神秘的仪式过后，所有的妙蛙种子都会进化，之后就会自行离开，而那个地方就叫做不可思议花园。只不过世人都没有发现确切的地点，都当那只是个传说罢了。不过你看窗外的花朵，就在这夜里悄悄的开放了，我觉得那并不只是个传说而已。不好意思，说了这么多也没能帮到你。”乔伊小姐说到。
“没关系，很感谢乔伊小姐告诉我这些。”小智礼貌的道谢后就独自走进了神奇宝贝中心的病区。
在月光的映衬下，夜晚的森林显得特别明亮，妙蛙草静静的趴在病床上，透过窗户看着天空，不知道在想些什么。皮卡丘跑了过去，两只神奇宝贝有一搭没一搭的说着话，小智就静静的守在一旁。
突然，平静的景象被打破了，数只藤鞭破窗而入，捆住了妙蛙草的四肢，一下子把妙蛙草扯了出去。小智见状大喊不妙，赶紧带上皮卡丘追了出去。窗户碎裂的声响也吵醒了睡眠中的小霞和小刚，一行人一起追了出去。