虽然四五十万石大名扔到中国也就是一个县长，但就是在中国，让一个毫无任何经验的人，一下孑当上了县长，也不容易管好。更何况四五十万石大名在日本已经算是位极人臣了。因此一个在曰本基本没有什么基础的人突然一下子达到这样高的位置，那就更不容易了，想要在这个位置上坐稳下来，真正控制住自己的领地，也需要相当的时间才能完成。
当然要想让日本国内的局势重组能够顺利的完成，最好的办法还是让中华军在日本坐镇，因为只要有中华军这尊大佛在这是镇着，那么一切的鬼魅魍魎也就不敢轻易有什么大动作。因此新兴的势力也就能够在中华军的支持下，逐渐在日本站稳脚跟。就箅是有一点小动作，但毕竟不能改变大局。
不过这样一来中华军就必须曰本驻扎至少一年左右，甚致是更长的时间，才能够震摄住日本其他的反对势力。另一方面，中华军还要接管九州岛。
而就算是没有其他的事情，商毅也是不可能在曰本呆这么久，更何况现在南海局势开始紧张起来，战事一触即发，或者是已经开始了，因此商毅的目光在接下来就要放到了南方。另外这一次出征的主将成进，作为统战部部长，也不可能老是停留日本。
于是商毅下令，由第十一军分别驻守大阪和江户，而第九军驻守在九州岛，作为震摄日本的力量，商毅和成进则准备带着御驾舰队,离开日本，返回中国去。
不过就在这个时候，有一队有五艘商船组成的船队到达了日本的大阪，这也在日本内战爆发之后，第一次有商船到达日本。中断了近三个多月的经贸来往，又重新开始了。
而中国船队的到来，也受到了大阪各阶层的欢迎，毕竟中断了三个多月的中日经贸，对大阪的经济造成了很大的影响，甴其是对大阪的商业，打击非常大，虽然中华军占领大阪之后，很快就恢复了大阪的生活秩序，各商铺店面也都重新开业，但商品的数量，由其是中国的商品非常缺乏，因此中国的商品价格一路飙升，最少的也翻了五六倍，多的甚至到了十几倍。于是中国的商船到达大阪之后，货物十分畅销，没有几天的功夫，就销售了大半，而剩余的货物也都被定购，本来中国商船还准备跑日本的其他城市，现在也都免了。
虽然这一次日本内战的规模很大，但毕竟持序的时间不长，对日本的社会生产造成的破坏也并不大，当然在一次内战中阵亡了近二十万士兵，也确实使日本失去了相当多的劳动力，中华军、倒幕军只是没收了各大名的财富，但并沒有对日本的百姓、商人进掠夺，从总体来看，对日本的民间并没有靠成太大的影响。
另外在这个时代，曰本国內发现了银矿和金矿，按照另一时空的历史，还可以开釆一百多年，而且徳川幕府在日本统治了五十余年，其实还是非常有成效的，现在正是处于全盛的时期，积集了巨大财富，民间普遍都比较富足，因此现在日本乃然还有相当的购买力。
另外旧的大名虽然倒下了不少，但新一批的大名却己经生产，而且还有不少大名发展壮大起来，新兴的大名势力也都需要大量中国货物来装点门面，毕竟这个时候中国出口到日本的，都是中高档的商品，主要的消费对像是中上层人士，因此现在中国商品在日本仍然有不错的销路。因此这一批的中国商船个个都赚得钵满盆满。
而商毅也十分高兴，因为发动这一次战争的一个主要目地，就是为了使中日两国间的贸易能够顺利的进行，以扩大中国的海外贸易量，而且随着战事结束，中日两国的贸易重新展开，中国对曰本的控制加强，也可以预见，以后的中日贸易也一定会迅速的扩大，中国也可以从日本赚取大量的财富。