就在耿仲明、韩岱部的清军在湖南挫败了明军对武昌的进攻，另一路由尚可喜、觉罗巴哈纳率领的清军在江西也进展得十分顺利。
尚可喜、觉罗巴哈纳部清军约有六万五千余众，其中尚可喜部有四万五千多人，觉罗巴哈纳部约两万多人，不过觉罗巴哈纳所带的军队，其本都是满汉八旗，以及三大营、绿营的军队，只有少数随行的跟役、包衣，同时还有三十门火炮，二千火铳兵。
在前期南下的过程中，清军己经攻占了江西北部的鄱阳湖沿岸的九江、南昌、饶州、南康、瑞州等地区，尚可喜、觉罗巴哈纳也分兵两路，分別进取抚江和广信两地，然后会师于建昌府。
江西是福州西面的屏障，因此朱聿键也不敢大意，任命万元吉为江西总督，坐镇赣州，以加强守御。同时又任命刘广胤为江西巡抚，协助万元吉督理军务，同时又命各地出军火速增援。御史陈荩从云南召募来的滇将赵印选、胡一清部五千精兵；两广总督丁魁楚派来了童以振、陈课部四千人；大学士苏观生也遣发的广东兵六千多人，加上原江西赣州守将吴之蕃、张国祚部，和武英殿大学士杨廷麟等从雩都调来的，受抚阎罗总四营头张安等部，明军右江西也聚集了五六万大军。论人数并不在清军之下。同时朱聿键还派人到杭州，请求商毅出兵，从侧翼夹击清军。
但朱聿键也十分清楚，明军是由各路人马拼凑起来的乌合之众，绝不是清军的对手，而商毅远在浙江，最多只能出兵牵制一下清军，也解不江西之危，因此只能寄希望于郑芝龙能够出兵，支援江西。
但郑芝龙却找出种种借口，一再推托出兵。在朱聿键的一再训令下，才不得不派永胜伯郑彩带兵出杉关，驻守江西建昌府，命郑鸿逵出兵进驻仙霞岭，救援广信府。但郑彩、的人马到达杉关之后，却按兵不动，无论监军给事中张家玉怎样催促，他一概置之不理。
结果清军杀到之后，各路明军果然不堪一击，被清军杀得纷纷溃逃，还有一些明军根本就是不战而退。清军一路势如破竹，连续攻取了抚江、广信、临江、建昌等地，整个江西中部，都己被清军所占，而且兵锋己经到达了福建省的边界。
而驻守在杉关的郑彩听说清军杀到，立刻弃关逃，一直退到浦城。而且郑鸿逵也放弃了仙霞岭，退回到建宁府。而清军也乘势进军，攻占了福建邵武府。
隆武帝闻迅之后，也勃然大怒，下旨痛诉郑鸿逵和郑彩不战自逃的行为，并将郑鸿逵由太师降为少师，又削去郑彩的伯爵爵位。
朱聿键是南明各君中最有进取心的一个，在继位之后的意向也是以恢复明室为己任，但郑芝龙并没有这种雄心壮志，他只是希望固守自己在福建、广东的势力范围，割据一方。拥立朱聿键为帝，也只是想借隆武朝廷的名义，为巩固自己在福建、广东地区的势力取得合法性而已。当然也有借皇帝的名议，号招南方，抵抗清军，保住福建、广东之地的用意，因此在拥立朱聿键之后，郑芝龙还儿子郑成功出使杭州，和商毅达成攻守同盟，也是保住福建、广东的一种举动。
但郑芝龙的这些做法，是建立在清军要进攻福建、广东的基础上，对守住南方的其他地区，并没有兴趣。而在洪承畴一到南京，就派遣招抚福建黄熙允和郑芝龙连糸，并以同乡的身份，劝说郑芝龙向清廷投降。黄熙允带着洪承畴的信，到达福建面见郑芝龙，表达了洪承畴的意思。郑芝龙也不禁大为心动，不过他也不敢轻信清廷，只是把黄熙允好好招待一番，让他返回南京。
黄熙允回到南京之后，洪承畴也知道郑芝龙有归降之意，于足在清军进攻江西的时候，洪承畴再次派黄熙允去福建，这一次还带去了多铎的信，表示只要郑芝龙归降，可以封为王爵，位于吴、孔、耿、尚等人并列。
对于封不封王，郑芝龙到并不在意，他看中的是实际的利益，也就是要割据福建、广东，继续经营自己的海外贸易。不过继然清廷开出这个条件，也说明清廷确有诚意，大家可以淡一谈。因此郑芝龙也给多铎回了一封信，隐晦的表示了自己的意愿。而为了表示自己的诚意，才没有出兵救援江西，同时也让出仙霞岭，让清军进入福建。