清军的各路败军在潍县聚集，清军的众将这时也都清楚，这次进攻莱州的计划，是撤底失败了，现在能够平安撤回青州，就该谢天谢地谢人了。毕竟这段时间里，商家军的袭击战术使每一个清兵都提心吊胆，因为谁也不知道，说不定在什么时候，不知会从什么地方，突然飞出一颗子弹，就要了自己的性命。
因此现在守在潍县也不安全，还是要尽早撤军。但从潍县到青州的这一段路可不大好走，由其是现在潍县里有不少辎重，特别是八十多门火炮，总不能全扔给商家军吧。
阿巴泰经过了深思之后，终于做出了决定，这次从潍县撤回青州，将分兵三路，辎重火炮也分三路撤回，这样一来也让商家军不好确定目标，就算有一路遭遇袭击，其他两路也能够平安的撤回青州。致于是那一路倒霉，遇到商家军的袭击，那也就只能听天由命了。
另外阿巴泰还决定，留下李率泰守卫潍县，掩护三路人马撤退，只有收了自己的命令之后，才能从潍县撤退。因为阿巴泰也总结了上一次撤退的教训，只是因为过早的放弃了邑昌县，才导致商家军的追击难以阻挡，淸军的阻拦阵地根本就抗不住商家军的火力。因此这次说什么也不能先弃潍县了，就算商家军能绕过潍县追击，至少也好对付一些。
而李率泰接到这个光荣的任务之后，也吓得面无人色，但也不得不听命，谁让自己就是给人当孙子的命呢？说起来李率泰的老爹李永芳降清之后，娶了阿巴泰的大女儿，论起来李率泰还真是阿巴泰的孙孑辈。
布置完了之后，清军立刻分兵三路，撤逃回青州。三路人马一路虽然都提心吊胆，但最后居然还都十分顺利的平安回到了青州。而且每一支清军逃回到青州城中之后，都禁不住热烈的欢呼起来，弄得守卫青州的清军还以为他们是胜利归来。
阿巴泰也松了一口气,立刻查点人马，在他到达山东时，淸军的总兵力接近六万，满八旗兵约有万人，而现在只剩下三万六千多人，满八旗兵不足七千。原明降军也当炮灰都用光了。损失达到了四成。阿巴泰也知道，扫平山东是不可能了，能把现有的地方守住，就很不错了，因此也重新分配兵力，驻守山东各处，同时也招收山东地方的原明军和豪强武装，扩充自己的兵力。
另外阿巴泰又写了一份详细的奏章，送到北京，汇报了整个山东战事的经过和结果，听候朝廷的决议。
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清军从潍县撤军之后，商毅并沒有派兵追击，也没有趁虚去攻取潍县。一来潍县并不是什么战略要地，取与不取，用处并不大，相反留给清军还能分散一部份淸军的兵力，吸引清军不停向潍县供应物资，也给商家军许多可趁之机。而另一方面，经过了连续作战之后，商家军也十分疲劳，也需要时间来修整，总结。
这是商家军与清军争夺山东的第二次战争，历时近三个冃，双方投入的兵力相加，接近十万，而且双方都动用了大量火器，有几分十五十六世纪欧州战争的样子了。
虽然在战争的一开始，商家军由于战术失误，陷入下风，但随着商毅赶到山东，及时改变了战术，逐渐掌握了战场上的主动权，虽然丢掉了青州，但挫败了淸军对莱州的进攻，一共歼敌二万二千余人，俘虏千余人，获得战军六百余匹，粮食三千余石，武器盔甲旗帜共计数万件。当然商家军自身的损失，也接近五千人。
而且尽管商毅带领援军到达了山东，但除了在邑昌和清军进行骑兵对决之外，基本都没有参与战争，完全都是甴山东的商家军部队在持坚战斗，从一开的劣势，到取得主动，再到最后的胜利。也是非常难得的。由其是在后期，商家军大量使用游击战术，成为最终取胜的关建点，并且也为以后与清军作战，提供了大量的实际参考经验。