这一战一直打到了第二天正午才结束，叛军的主力终于被商家军击溃。但由于战场过于零乱,因此直到当天傍晚时分，战果才初步统计出来，这一战一共杀死叛军二万五千余，其中有近半数是烧死或自相践踏而死，生擒一万五千余人，才加上散逃的叛军，可以说确实是其本消灭了叛军的主力。而商家军自身的伤亡还不足百人。
不过叛军的主将马进忠又一次逃脱了性命，但这时他身边也只剩下两三百余人了，马进忠心里也知道，这一次基本可以算是全军覆没，虽然主要是因为商家军过于强大的原因，但自己身为全军的主将，自然也是难逃其责，回到杭州只怕也没有好结果。而且遭此一败，玄皇教也元气大伤，十年之内，恐怕难以再有大作为了。因此马进忠也不回杭州，带着这二三百人逃离了浙江，脫离玄皇教另寻去处。
商毅对战果也十分满意，在第二天只留了杨武丞的骑兵营、一个新兵营和辅兵看守俘虏，率其余的人马，趁胜进军，去攻取杭州。
那知商家军的人马到达了杭州城西北角的武林门前的时候，只见武林门的城门大开，吊桥放下，全无设防，竟然沒有一名叛军的士兵守卫。不过隐隐听到城中有喊叫的声音，而且不时还有百姓从城里跑了出来，还都是十分惊慌的样子。
商毅也不禁觉得有些意外，拦住了几个跑出来的百姓询问，杭州城里，到底发生了什么事情。
见是官军来了，百姓们才稍稍有些放心，这才向商毅说起城中的情况，原来自从叛军占领了杭州城之后，对城中的大户富豪人家里进行掠夺，钱财物资抢获一空，充为军用，当然这期间也杀了不少人，但对一般的平民百姓，甚致是小康之家，没有过多的迫害，更没有像流寇那样屠城，而且城中的秩序也有一定的恢复，毕竟叛军是打算把杭州作为自己的根据地。
但不知为什么，从昨天晚上开始，叛军的士兵就在城中四处抢夺，也不分富户穷人，见什么抢什么，稍有反抗就格杀勿论，还放火烧毁了一些房屋。因此城中的秩序也大乱了起来。而且在天亮之后，有人看见一部份叛军赶着马车，逃出城去。但城里还是留下了不少叛军，同时也更为凶恶，烧杀抡掠，什么事都做，于是许多百姓都逃出城避难。
商毅听他们说完之后，估计是玄皇教见大势以去，死守杭州城以经毫无意义，因此只完留下一部份精英，撤离杭州，或隐居起来，或另投他处，而其他招募拉陇的叛军士兵，也就都弃之不理了。而其他被弃的士兵无人约束，又充满了绝望的情绪，只能借用杀人放火来发泄，当然也有人是想抢完一票之后跑路，结果造成了杭州大乱。这到是很有可能的事情。
不过虽然是这样想，但商毅也不敢大意，命段鹏先带一个侦察连进城，观察城中动景，是否如事所说，并且占领武林门的城楼和城门。
段鹏领军进城之后不一会儿，就派人回报，以经完全控制了武林门，城中确实一片混乱的样子，而且也沒有人组织抵抗。
其实商毅在城外也看得十分清楚，有一部份商家军以经蹬上了城楼，还有一部份就守在城下，确实完全控制了武林门。于是商毅立刻下令，全军进城。
大队人马进城之后，商毅蹬上了城楼，向城中看去，城里确实是一片混乱，满街都是跑的居民，地上还躺倒了不少尸体。因此啇毅立刻下令，留下第二团的火炮营守住武林门，自己和周少桓带一个火枪营、二个侦察连和两个新兵营去占领州府衙门，剩余的一个火枪兵营和一个长枪兵营都分散成以连为单位，立刻在城中去制止叛军的暴行，将他们全部都抓到州衙来，敢反抗者一率格杀匆论。
商毅领军赶到了杭州的府衙门，这里早己以人去楼空，商家军毫不费力就打开了府衙的大门，占领了府衙。随后商毅又分派三个新兵营，分头去攻占杭州城的各个城门，不许进出。
杭州曾经是宋朝南渡之后的都城，在南宋时期，共有十三座旱门，五座水门。而南宋灭亡之后，元、明以来，杭州城已固定为十个城门。分别为东有庆春门、清泰门、望江门，南有候潮门、凤山门，西为钱塘门、清波门、涌金门，北为武林门、艮山门。都要分派兵力把守。每个城门分派一个连把守，剩下的三个连则留在府衙，准备看守俘虏。