这时叛军正在城中肆意施暴，但很快就发现，街头巷尾，出现了一队队衣甲鲜明整齐的军队，有人首先喊，命令他们放下兵器，立刻束手就擒。
叛兵当然不甘心就这么缚绑，但对方也不多和他们废话，喊了两遍不见他们有所行动，就立刻举枪射击。枪声响过之后，叛军们顿时纷纷倒地毙命，而其他的叛兵见势不妙，马上四处逃窜。当然也有一些横的叛军不服，还想冲上来动手，结果还没等他们冲到近前，就被弹丸击中倒地，就算有一部份人侥幸冲到商家军的近前，但等待着他们的，是雪亮的刺刀。
虽然商家军中还有一部是长枪兵，但商家军的长枪兵，也不是现在叛兵这样的乌合之众所能抵抗的，双方动手的结果，无一例外的都是叛军倒地身亡。
知道了商家军的厉害之后，叛兵也不敢反抗，有小部份趁乱逃跑,躲藏了起来，绝大部份都扔掉了武器，举手投降，被押到府衙前的大广场看押。
到了响午过后，在商家军雷厉风行的打击之下，杭州城里的动乱以经基本平定了下来，随后在商家军的组织指挥下，又去扑灭了城中的火势，好在叛军并不是诚心要放火烧城，因此火势并不大，到接近黄昏的时候，终亍都灭了。虽然还是有不少房屋被烧毁，而且死伤了不少居民，但就整个城市来说，损失并不算大，比起被张献忠焚为一炉的武昌来说，根本就不算什么。
而商毅终于也松了一口气，这杭州总算是拿下来了。立刻又命令城外的士兵押着俘虏开拔进城，同时又清理城中的尸体残籍。
在城中被商家军打死的叛兵有一千五百多人，而衼抓到府衙前看押的叛兵，却有近两千余人。城中百姓死伤了近四千余人，民房被烧毀了六十余间，另有二百多间店辅被砸被抢，五千多名百姓受伤。因此在这天夜里，整个杭州城里到处都可以听到哭声，情景也颇为凄惨。
商毅心理虽然也有些凄凄，但这种事情现在也见得多了，心肠也硬了许多，同时虽然占领了杭州，还有许多善后的事情需要处理。正好这时杭州的中下层官吏知道朝廷的大军收复了杭州，也纷纷到府衙来拜见商毅，并且带来了杭州的户籍、府库、鱼鳞册等。其中有推官兰秉浩、经历杨堪、知事万绍华、照磨季峻、书办田斌文、主薄肖方忠等，以及衙役班门，公人差使，一共有二三十号。
他们基本都是中下级的官员，最大的推官也不是正七品，如文书、主薄还没有品级，连官都算不上，属于吏员一类。在中国古代的地方政务，与其说是“官治”，倒不如说是“吏治”。自宋以降，府州县的地方官几乎全是从科举中选拔出来的。做“之乎者也，子曰诗云”一类的道德文章是拿手，但治理地方的行政事务却是一知半解，除了各种事务都有一套繁琐的程式，基本法令之外，应该援引或可以类推的成例更是多如牛毛。
再加上古代的法制不建全，因此某件公事该依哪一条法令或哪一项规定去处理，在律令和会典等书籍中都找不到，只能从以往出现过的成例套用，以保万无一失。否则万一出点纰漏或被上司找出了岔子，轻则驳回，重则训斥，说不定还会为此而丢官罢职？而这方面只底下具体办事的人才淸楚。
而当官的为了不出错，或者嫌麻烦，只能把这些事情都托付给底下的三班六房的衙役书办主薄等人去处理。结果知府知州这类正式的地方官员反而被架空，而身份卑微的吏员，却在实际上把持着地方行政权力。
吏员不属官员，没有品级，也没有晋升的可能，往往都是世袭，这也是中国历史上有一个政治现象，称为“官无封建，而吏有封建”，因此他们大多数人也没有什么道德关念，平时和当地的大户勾结，中饱私利，坑害百姓。淋尖踢斛、折色火耗等话计基本都是他们在俱体操作。
而他们对朝廷也没有多少忠心，一但改朝换代发生，也轮不到他们头上来，因为无论是谁来当官，也离不开他们，永远是不倒翁，因在叛军攻下了杭州之后，他们向叛军投诚，现在商毅收复了杭州，又立马都倒向了商毅。
这些陋习商毅心里当然清楚，但目前来说，暂时还不能动他们，而且户籍、府库册、鱼鳞册等资料也是十分有用的东西，因此也不动声色的接纳了他们。