刚才参加了打斗的并不止这一百二十七人，不过被指认出来的，都是闹得最凶，给人印像最深刻的。商毅立刻下令，将这一百二十七人全都上绑关押，由传人看管，而其余的士兵一率解甲弃械，暂时限制行动。并且警告他们，如果老实不生事，可以保证他们的生命安全，谁敢再造闹生事，一率格杀勿论。同时又派了三百火枪兵看守他们。
处理完了士兵之后，商毅去安抚百姓道：“各位乡亲们，都是我商毅管教不严，治军无法，才使得这一批士兵在城里行凶，使各位乡亲们受苦。不过请各位乡亲们放心，这样的事情绝对不会再发生，大家刚才也看到了，凶手我以经都抓了起来，只是今天的事情太多，暂时来不及处理，等到过二天，我一定会对那些死伤的乡亲们一个交待。请各位乡亲们听从我军的安排，尊守秩序，大家的生活口粮，我们都会安排。”
商毅刚才的行动，百姓们也全都看见了，可以说几乎所有的百姓都没有见过这样为自己做主的官员，只是听故事里说过宋朝有个包公包青天，专门替老百姓做主，还有些上点年纪的人到是老人们说过，几十年前大明朝到有一位海瑞海青天，也替许多老百姓做过主，没想到在自己的有生之年，而且又是在死里逃活之后，能够真正遇到这样的官员。因此也都愿意老老实实在穆陵军的指挥下，各自找地方安顿下来了。
这一场动乱，终于就这样被平息了下去，并沒有酿成大祸。不过商毅也不敢大意，毕竟这可是十几万百姓，别看现在稳定住了，万一再闹起来，可也不得了，因此又派吴汉生等侦察队的士兵，分散到老百姓中去，分头安抚他们的情绪，又从百姓中抽调人手做饭，提供饮食，好在城里的粮食堆积如山，可以放开供应。
而就在这时，在城外打扫战场的穆陵军也进驻了穆陵关中，同时也引得不少百姓赶到城门口去观看。
只见一队人马从城门进来，有骑兵有步兵，虽然人人身上多少都带有一些血迹，有些人的盔甲还有破损，但一个个都精神焕发，昂首阔步，精气神和其他的明军完全不一样。随同军队进城的还有不少车辆，和驮着装着各种缴获物资的马匹，尽砍下的清军首级，就装了十几车，而在车辆后面，还跟着一队被俘的淸兵，一个个低头耷拉脑，垂头丧气。
济南城里的百姓们人人都吃过清兵的苦头，一见有清兵被俘，气就不打一处来，纷纷拾起石头泥土，狠狠的向清兵的头上扔去。只打得清兵左躲右闪，还有的抱住了脑袋。要不是两侧有穆陵军的士兵拦着，直怕都要冲上来痛打淸兵一顿。
而到了这个时候，百姓们才终于相信，朝廷的大军确实打败了清军，收复了济南府，自己终于得到了安全。因此许多百姓都纷纷跪伏在道路两边，顶礼膜拜。
还有胆大的向士兵打听：“军爷，你们是那里的军队？”
“老乡，我们是穆陵关千总司的人马？”
“穆陵关在那儿？没听过呀，军爷，那么你们的将军叫什么？”
“我们千总大人姓商，叫商毅。知道吗？”
“商毅？这么说你们就是商家军了？”
“…………”
“商家军，乡亲们，他们就是商家军，是商家军打败了鞑子。”
商毅也没有想到，自己一手拉扯起来的这支军队就是在这个时候，开始以“商”的姓氏命名，这是收复济南府的另一个结果。当然商毅对这个称号并不排斥，毕竟能够以主将姓氏命名的军队，而被载入史策的，只有两支——岳家军和戚家军，可都是中国历史上响当当的军队。能够和这样两支军队并立，当然是极大的荣誊，同时这个称号也加强了全军对商毅的依附然，而且从此以后，穆陵军对內，就开始以商家军而自居。
经过最后的统计，这收复济南府的战斗中，穆陵军共斩首两千四百八十七级，生擒二百一十六人。而自身战死四百五十六人，另有一百二十五人受伤。这也是穆陵军首次与清兵主力进行较大规模的野战，双方的伤亡比达到了五比一，主要因为穆陵军的远程打击太过厉害，也证明火枪也能够在野战中为自己带来胜利。
同时这一战的收获也不小，各种盔甲达到了三千多件，刀枪器械锣鼓旗帜计有六七千件，又从淸军们身上搜出了白银四万佘两，同时还夺得了三百五十多匹战马，连死马也有五百多匹。穆陵军一样秉承着过去的传统，地能带走的全都都带回了济南府里。
不过缴获的这些东西和济南府屯积的各种物资相比，只能算是微不足道，无论是粮食、草料、布匹、都只能用堆积如山来形容。甴其是看到库房里存放的白银，商毅的头脑中突然冒出了这么一句话：俺滳神讶，俺这辈子也没有见过这么多银子。